Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici (FORL) y f. sp. lycopersici (FOL) ocasionan pérdidas económicas en el cultivo de jitomate a nivel mundial. En Morelos, sólo se reporta la presencia de FOL razas 2 y 3. El objetivo de este trabajo fue aislar e identificar morfológica y molecularmente a Fusarium spp., determinar su virulencia y distribución en jitomate cultivado en suelo bajo invernadero en Morelos. En cinco municipios de Morelos se colectaron plantas con síntomas de marchitez. Se sembró tejido de diferentes partes de la planta en medio PDA y se aisló a Fusarium spp. De acuerdo a la patogenicidad y severidad se seleccionaron los aislamientos más virulentos de cada colecta. La identificación a especie se realizó con literatura especializada y con la amplificación y secuenciación de la región ITS1 e ITS2 del ADNr, con estas secuencias se construyó un árbol filogenético. FORL y FOL se identificaron con la amplificación de fragmentos de la exo y endo poligalacturonasa. Se obtuvieron 107 aislamientos principalmente de raíz y corona, y todos fueron patogénicos. Se seleccionaron 41 aislamientos, de los cuales el 65.9 % presentaron severidad en plántulas de jitomate mayor al 80 %. De acuerdo a la identificación morfológica y molecular dos correspondieron a F. solani (aislados de raíz) colectados en Tepalcingo y Emiliano Zapata y 39 a F. oxysporum; de éstos, dos se identificaron como FORL (aislados de raíz) y 28 como FOL (18 raza 1 y 10 raza 2 o raza 3, aislados de raíz, corona, límite de la necrosis vascular y 50 cm después de la corona). FOL se distribuyó en Xochitepec, Emiliano Zapata, Tepalcingo, Mazatepec y Axochiapan, mientras que FORL solo se encontró en Xochitepec. El análisis filogenético permitió corroborar la identificación a nivel de especie; sin embargo las secuencias de la región ITS1 e ITS2 no fueron suficientes para identificar a FORL y razas FOL
