La interacción entre biodiversidad y la informática (bioinformática) ha sido de vital importancia en el ámbito de la biología, tanto para la clasificación de especimenes como para las tareas de protección del medioambiente. Un ejemplo es el proyecto DiGIR, el cual a través de su portal permite consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas almacenadas en diferentes centros de investigación para obtener información sobre colecciones. El Portal DiGIR Ampliado (PDA) resultante de este trabajo colabora con el proyecto DiGIR, ampliando las potencialidades de su portal con el objetivo de ser utilizado para la Red de Colecciones Biológicas Argentinas y con el objetivo de contribuir con la comunidad internacional de desarrolladores del proyecto, aportando una nueva versión para su CVS.The interaction between biodiversity and computer science (bioinformatic) has been of vital importance within the scope of Biology, as much for the specimen classification as for the tasks of protection of the environment. An example is the DiGIR project, which through its portal allows queries on heterogeneous data bases stored in different research centers to obtain data about collections. The Enhanced DiGIR Portal (EDP) resulting of this work contributes with the DiGIR project, extending the limits of the DiGIR portal with the goal of being used by the Network of Argentine Biological Collections. It contributes also with the international developers community of the project, adding a new version for its CVS.Eje: Ingeniería de Software y Base de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Buckle, Carlos

Mazzanti, Renato

Samec, Gustavo

SEDICI - Repositorio de la UNLP

PDA – Portal DiGIR Ampliado 
Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet 
Mazzanti Renato(1), Samec Gustavo(2) , Buckle Carlos(3) 
(1)
 Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn 
(1)
  CONICET  – CENPAT Centro Nacional Patagónico. 
 
(2)
 Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn 
 
(3)
 Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn 
(3)
  HMS Argentina – Health Management Solutions Corp. 
 
Resumen 
La interacción entre biodiversidad y la 
informática (bioinformática) ha sido de vital 
importancia en el ámbito de la biología, tanto 
para la clasificación de especimenes como para 
las tareas de protección del medioambiente. Un 
ejemplo es el proyecto DiGIR, el cual a través de 
su portal permite consultas distribuidas sobre 
bases de datos heterogéneas almacenadas en 
diferentes centros de investigación para obtener 
información sobre colecciones. El Portal DiGIR 
Ampliado (PDA) resultante de este trabajo 
colabora con el proyecto DiGIR, ampliando las 
potencialidades de su portal con el objetivo de ser 
utilizado para la Red de Colecciones Biológicas 
Argentinas y con el objetivo de contribuir con la 
comunidad internacional de desarrolladores del 
proyecto, aportando una nueva versión para su 
CVS. 
 
Abstract 
The interaction between biodiversity and 
computer science (bioinformatic) has been of 
vital importance within the scope of Biology, as 
much for the specimen classification as for the 
tasks of protection of the environment. An 
example is the DiGIR project, which through its 
portal allows queries on heterogeneous data bases 
stored in different research centers to obtain data 
about collections. The Enhanced DiGIR Portal 
(EDP) resulting of this work contributes with the 
DiGIR project, extending the limits of the DiGIR 
portal with the goal of being used by the Network 
of Argentine Biological Collections. It contributes 
also with the international developers community 
of the project, adding a new version for its CVS. 
 
Palabras claves: 
Biodiversidad, Bioinformática, DiGIR, Bases de 
datos heterogéneas, web services, control de 
acceso, internacionalización, i18n, l10n, LDAP, 
JNDI,JAAS. 
 
Introducción  
El uso de las computadoras para el apoyo y la 
automatización de las tareas desarrolladas por los 
biólogos no es reciente. Concretamente, en lo que 
a la Taxonomía se refiere, pueden encontrarse 
referencias ya en los años 70, como las de Morse, 
Pankhurst o Dall-witz. (Dallwitz, 1974; Morse, 
1970; Pankhurst, 1970; Pankhurst, 1991). 
En la actualidad, la protección del 
medioambiente, así como la evaluación de las 
amenazas al mismo, son temas de gran relevancia 
y puede decirse que su objetivo principal es 
preservar la biodiversidad. 
La interacción entre biodiversidad e informática 
ha sido de tal importancia que ha dado lugar a una 
nueva disciplina: la bioinformática (Govindaraj, 
2001). 
Tras este objetivo, la información existente en las 
colecciones biológicas es de gran utilidad ya que 
cada espécimen almacenado en ellas es una 
muestra de lo que vivió en un lugar y en un 
momento determinado. El paso previo a todo 
estudio pasa por la informatización y gestión de 
las colecciones. Una vez que las colecciones 
biológicas son informatizadas están disponibles 
para su tratamiento computacional. 
El proyecto DiGIR (Distributed Generic 
Information Retrieval) ofrece un portal de 
búsqueda de colecciones biológicas. Su engine 
intercambia datos estructurados desde múltiples y 
heterogéneas bases de datos a través de Internet 
implementando un protocolo de comunicación 
independiente de los datos a intercambiar y de las 
fuentes de donde se obtienen los datos. 
DiGIR es un proyecto Open Source alojado en 
Source Forge http://digir.sourceforge.net con 
arquitectura J2EE)desarrollado bajo Licencias 
Públicas Generales (GPL). 
En el año 2004 en el Centro Nacional Nacional 
Patagónico dependiente de CONICET, en el 
marco del proyecto de la Red de Colecciones 
Biológicas Argentinas (financiado por Gbif) se 
constituyó en el primer proveedor de datos DiGIR 
de nuestro país, iniciando la publicación de 
información sobre colecciones biológicas 
argentinas. 
Este trabajo pretende ser una contribución a este 
propósito, sus autores han participado en la 
implementación del nuevo portal de la Red de 
Colecciones Argentinas, han implementado 
proveedores de datos DiGIR y se han unido al 
grupo de desarrollo de SourceForge generando 
una nueva versión del portal, llamado PDA 
(Portal DiGIR Ampliado), el cual aporta control 
de acceso e internacionalización entre otras 
mejoras.  
Objetivos de Investigación y Desarrollo 
• Procesamiento de consultas distribuidas 
sobre bases de datos heterogéneas 
• Protocolos de intercambio de información 
sobre colecciones biológicas 
• Estándar de intercambio Darwin Core 
• Proyecto DiGIR 
• Utilización de Sistemas de Directorios 
para implementar repositorios de usuarios 
• Implementación de componentes de 
Control de Acceso e Internacionalización 
en aplicaciones J2EE 
 
Resultados 
Ha sido necesaria la sinergia entre la informática 
y la biodiversidad (bioinformática) y en este 
punto hay organizaciones que han promovido la 
definición de estándares para el intercambio de 
información biológica, ellos son: GBIF (Global 
Biodiversity Information Facility)  y BioCASE 
(Biological Collection Access Service)  
 
GBIF se concibe como una red de bases de datos 
interconectadas que pretende ser una herramienta 
básica para el desarrollo científico de los países y 
contribuir significativamente a una mejor 
protección y uso de la biodiversidad en el planeta. 
Apuntando a este objetivo, GBIF impulsa el 
estándar Darwin Core, el cual permite integrar 
información de diferentes fuentes heterogéneas y 
distribuidas bajo el siguiente esquema: 
 
Mediante la utilización de mediadores se realiza 
el intercambio de la información contenida en los 
distintos nodos o proveedores de información de 
una forma común. Esta forma de actuar hace que 
todos los proveedores tengan la posibilidad de 
incorporar sus datos a la red sin necesidad de 
realizar cambios sustanciales en sus bases de 
datos. 
Darwin Core propone la generación de 
documentos de intercambio en XML. 
Una de las implementaciones mas importantes de 
este protocolo es el proyecto DiGIR. 
 
Proyecto DiGIR 
El proyecto DiGIR propone una aplicación 
orientada a Servicios, basada en el concepto de 
proveedores de datos genéricos y un motor 
concentrador de consultas. 
 
Para el desarrollo de DiGIR se tuvieron en cuenta 
los siguientes objetivos: 
1. Usar protocolos libres y estándar. 
2. Separar los protocolos de comunicación de 
los protocolos de intercambio de datos. 
3. Construir un proveedor de datos (data 
provider) que cumpliera el estándar de 
comunicación, que permita el intercambio de 
datos y que tenga una instalación fácil. 
4. Desarrollar un sistema de código abierto bajo 
la filosofía de Licencias Públicas Generales 
(GPL) 
La arquitectura propuesta por DIGIR se compone 
de tres partes : 
1. El Proveedor: fuente de información, con 
diferentes wrappers que permiten acceso a 
diferentes bases de datos y web services que 
implementan el access-point al cual se debe 
encuestar para solicitar una consulta. 
2. El Registro de Proveedores: directorio de 
proveedores, parecido a las páginas amarillas, 
implementado en directorios UDDI (Universal 
Description, Discovery and Integration) donde se 
registran los end-point de web services de cada 
proveedor. 
3. El Portal: recibe las peticiones de los usuarios 
y las comunica al “motor de consultas”, el cual 
encuesta a cada uno de los proveedores 
registrados para obtener los elementos que 
coinciden con la consulta solicitada por el 
usuario. 
Portal 
DiGIR
Engine de
Consultas
Registro
De 
Proveedores
(UDDI)
Web
Service
Proveedor 
1
BD BD BD
Web
Service
Proveedor 
N
BD BD BD
INTERNET
 
Se ha comprobado la necesidad que el Portal 
DiGIR posea control de usuarios, para una 
gestión adecuada,  e  internacionalización, 
principal característica de “amigabilidad” de todo 
portal, además, partiendo de estas nuevas 
prestaciones se habilitan desarrollos futuros que 
enriquecerán aun más al portal, como por ejemplo 
técnicas de inteligencia artificial para mejorar la 
extracción de conocimiento existente en las 
colecciones biológicas o agentes de traducción 
automática. 
 
Proyecto PDA 
En función de estas necesidades se motiva el 
desarrollo de una nueva versión llamada PDA 
(Portal DiGIR ampliado), el cual por el momento 
agrega características de Control de Acceso e 
Internacionalización ampliando la arquitectura del 
portal de la siguiente manera: 
 
 
authentication: Esta API provee clases para 
realizar autenticación utilizando la API JAAS, 
(incluida en el JDK) la cual provee una capa de 
abstracción para las aplicaciones, separando la 
tecnología subyacente para autenticación y 
autorización. Las aplicaciones pueden cambiar de 
mecanismo de autenticación sin cambiar código a 
nivel de aplicación. De esta manera, distintos 
tipos de tecnologías de autenticación se puedan 
adicionar a este módulo con tan solo cambiar un 
archivo de configuración y agregar la clase para 
dicha prestación, sin modificar las clases 
existente. En nuestro caso utilizamos un servidor 
de directorios LDAP accediendo a través de JNDI 
(Java Naming and Directory Interface) para 
autenticar usuarios. JNDI es una API (incluida en 
el JDK) que permite buscar objetos y nombres a 
través de su nombre en un servidor de directorios.  
 
administration: Esta API permite la 
administración de usuarios y roles. Dado que la 
administración de usuarios no esta contemplada 
en la tecnología que provee JAAS, se 
implementaron clases que permiten hacer altas, 
modificaciones, bajas y búsquedas en el servidor 
que soporte los datos de los usuarios a 
administrar. En este caso se implementaron 
dichos servicios para un servidor de directorios 
LDAP accediendo al mismo a través de la API 
JNDI. En la implementación se utilizaron 
 
Portal Access 
Control de Acceso e 
Internacionalización 
 
Portal Digir 
 
 
Browser 
 
 
 
 
Usuario 
request 
response 
Properties 
Resources 
Properties 
Resources 
Servidor LDAP 
 
BD LDAP 
Portal DiGIR Ampliado 
interfaces que permiten cambiar de tecnología de 
acceso a los datos con facilidad. 
 
presentation: En este paquete se incluyen las 
clases utilizada por la aplicación para interactuar 
con el usuario y dar acceso al portal DiGIR. La 
interfaz con el usuario se construyó utilizando la 
especificación de Java Service Faces (JSF). 
Utilizando MyFaces 1.1  por tratarse de una 
implementación de JSF de Software Libre, 
perteneciente al Proyecto Apache. 
JSF es un framework de desarrollo de 
aplicaciones Web que utiliza una arquitectura  
MVC (Model-View-Controller). JSF instala en la 
aplicación Web un controlador (Controller) que 
se encarga de la gestión de los formularios y de la 
navegación entre páginas. La interfaz con el 
usuario (View) corresponden a archivos JSP (Java 
Services Pages) que incluyen componentes UI 
(User Interface) como por ejemplo text box, 
buttons, label, radio buttons, etc. La lógica del 
negocio (Model) está implementada en clases 
java llamadas backend beans, las mismas 
atienden a eventos producidos por los 
componentes UI.  
 
Internacionalización en PDA 
En el proceso de internacionalización podemos 
distinguir dos partes: todo lo relativo al código 
ampliado y lo relativo al código existente. En el 
primero dicho proceso fue el más sencillo dado 
que la arquitectura y diseño del código contempló 
desde el comienzo la internacionalización. En el 
caso del código existente hubo que aplicar 
distintas técnicas para adaptarlo a esta nueva 
característica. 
 
En el caso del código nuevo que utiliza la 
metodología Java Server Pages donde la 
internacionalización ya está contemplada. En la 
práctica consistió en construir los archivos JSP de 
modo que la soporten. Para ello se incluyeron los 
tags que definen la configuración a utilizar y el 
nombre de archivo de propiedades. 
 
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 
Transitional//EN"> 
<html> 
 <f:view locale="#{Login.locale}"> 
  <f:loadBundle basename="Message" var="bundle" /> 
<head> 
  <base href="<%=basePath%>"> 
Tags JSP 
 
En este ejemplo la variable locale toma el valor 
definido en la Login.java donde tiene el lenguaje 
y country indicados. 
En el tag f: loadBundle se define cual es el 
nombre del archivo de propiedades (basename) y 
cual es la referencia para acceder a él (bundle) . 
 
Para hacer uso de identificadores o constantes 
internacionalizados se procede del siguiente 
modo: 
 
… 
<h:panelGrid columns="2"> 
 <h:outputLabel for="username" rendered="true" 
   value="#{bundle.Login_username}"></h:outputLabel> 
… 
</h:panelGrid> 
… 
Tags JSP 
 
Login_username es una entrada en el archivo de 
propiedades. 
En el caso del código preexistente se aplicaron 
tres técnicas de internacionalización según se  
tratara de Java Server Pages (JSP), Java Scripts 
(JS) o código Java puro, como son los servlets, 
dada las características propias de estos lenguajes. 
Las modificaciones solo se hicieron en la capa de 
presentación y se trató de ser lo menos invasivo 
posible a la hora de realizar modificaciones para 
evitar efectos colaterales. Solo se modificó la 
secuencia de código que construye la interfaz 
gráfica de usuario.  
Por ejemplo, en los Java Server Pages hubo que 
hacer adaptaciones para ello se creo un 
languaje.jsp para incluir al comienzo de los jsp a 
internacionalizar  
 
<%@ page import="java.util.*"  %> 
 
<% 
String language = new 
String((String)session.getAttribute("language")); 
String country = new 
String((String)session.getAttribute("country")); 
Locale currentLocale = new Locale(language, 
country); 
ResourceBundle messages = 
ResourceBundle.getBundle("Message",currentLocale); 
%> 
Languaje.jsp 
 De esta manera se tiene acceso desde el jsp a los 
atributos de sesión language y country para luego 
poder definir la referencia messages que nos 
conecta con los recursos de internacionalización 
almacenados en los archivos de propiedades1. Por 
ejemplo en home.jsp definimos una serie de 
variables Java ya internacionalizadas llamando al 
método getString(). En el código siguiente se 
muestra la variable pageTitle 
 
... 
 
<%@ include file="language.jsp" %> 
 
<% String pageTitle = 
messages.getString("home_pageTitle"); %> 
 
<% 
... 
Variable internacionalizada 
 
 
PDA como portal de la Red de Colecciones 
Argentinas 
 
Se ha instalado PDA como portal de búsqueda de 
la Red de Colecciones Argentinas. El acceso al 
mismo es 
http://base.cenpat.edu.ar:8080/pres/Login.faces  y 
su GUI se muestra en la figura siguiente. 
 
Conclusiones 
El desarrollo del trabajo ha significado una fuerte 
interiorización y compromiso con el proyecto 
DiGIR promovido por GBIF, y ha generado 
aportes concretos a diferentes beneficiarios, entre 
los que se destacan:  
Red de Colecciones Biológicas Argentinas: 
                                                          
1
 Por ejemplo Message_sp_SP.properties 
La cual como resultado ha obtenido un nuevo 
portal de acceso y búsqueda de colecciones. 
Proyecto DiGIR: 
Ya que el resultado de este trabajo fue aceptado 
por el grupo de desarrollo internacional para 
formar parte del próximo CVS del portal DiGIR. 
CENPAT - CONICET 
Con su proveedor DiGIR  
 
Agradecimientos 
Un sincero agradecimiento al Centro Nacional 
Patagónico (CENPAT – CONICET) por la 
motivación y el apoyo. 
También a los desarrolladores de DiGIR cuyo 
producto es el origen de este trabajo.  
Bibliografía y Referencias 
• Proyecto DiGIR  http://www.digir.net  
• Barlen Thomas, Wolfgang Eckert, John Taylor, Klaus 
Tebbe, Wendy Thom-son, Marc Willems -Implementation 
and Practical Use of LDAP on the IBM iSeries Server - 
IBM Redbooks - April 2002 - ISBN 0738424641 
• Bellas Fernando. IEEE INTERNET COMPUTING -
Standards for Second-Generation Portals, University of A 
Coruña, Spain. 2004. 
• Dagient Valentina, Rimgaudas Laucius, IEEE, 
INTERNATIONALIZA-TION OF OPEN SOURCE 
SOFTWARE: FRAMEWORK AND SOME IS-SUES 
Informatics Methodology Department. Institute of 
Mathematics and Informatics. Vilnius, Lithuania 
dagieneGJkt1.mii.h; rimga@kl.mii.lt . 2004. 
•http://developers.sun.com/prodtech/javatools/jscreator/refer
ence/techart/2/jaas_authentication.html 
•http://developers.sun.com/prodtech/javatools/jscreator/refer
ence/techart/2/il8n.html 
• Jewell Tyler, David Chappell, Java Web Service, March 
2002, O’Reilly. 
• Perez Perez Ramón. Sistema Multiagente para la Gestión 
de Colecciones Complejas. Tesis Doctoral. Dr. Universidad 
de Granada. 2006. 
Contacto con los autores 
• Renato Mazzanti (02965) - 451117 
renato.mazzanti@gmail.com 
• Gustavo Samec (02965) - 471930 
gsamec@gmail.com 
• Carlos Buckle (02965)-15673949 
cbuckle@hms-tech.com 


Spanish

PDA – Portal DiGIR Ampliado : Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet

Servicio de Difusión de la Creación Intelectual

PDA – Portal DiGIR Ampliado Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet Mazzanti Renato(1), Samec Gustavo(2) , Buckle Carlos(3) (1) Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn (1)  CONICET  – CENPAT Centro Nacional Patagónico.  (2) Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn  (3) Facultad de Ingeniería – Departamento Sistemas -Universidad Nacional de la Patagonia S.J.B - Puerto Madryn (3)  HMS Argentina – Health Management Solutions Corp.  Resumen La interacción entre biodiversidad y la informática (bioinformática) ha sido de vital importancia en el ámbito de la biología, tanto para la clasificación de especimenes como para las tareas de protección del medioambiente. Un ejemplo es el proyecto DiGIR, el cual a través de su portal permite consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas almacenadas en diferentes centros de investigación para obtener información sobre colecciones. El Portal DiGIR Ampliado (PDA) resultante de este trabajo colabora con el proyecto DiGIR, ampliando las potencialidades de su portal con el objetivo de ser utilizado para la Red de Colecciones Biológicas Argentinas y con el objetivo de contribuir con la comunidad internacional de desarrolladores del proyecto, aportando una nueva versión para su CVS.  Abstract The interaction between biodiversity and computer science (bioinformatic) has been of vital importance within the scope of Biology, as much for the specimen classification as for the tasks of protection of the environment. An example is the DiGIR project, which through its portal allows queries on heterogeneous data bases stored in different research centers to obtain data about collections. The Enhanced DiGIR Portal (EDP) resulting of this work contributes with the DiGIR project, extending the limits of the DiGIR portal with the goal of being used by the Network of Argentine Biological Collections. It contributes also with the international developers community of the project, adding a new version for its CVS.  Palabras claves: Biodiversidad, Bioinformática, DiGIR, Bases de datos heterogéneas, web services, control de acceso, internacionalización, i18n, l10n, LDAP, JNDI,JAAS.  Introducción  El uso de las computadoras para el apoyo y la automatización de las tareas desarrolladas por los biólogos no es reciente. Concretamente, en lo que a la Taxonomía se refiere, pueden encontrarse referencias ya en los años 70, como las de Morse, Pankhurst o Dall-witz. (Dallwitz, 1974; Morse, 1970; Pankhurst, 1970; Pankhurst, 1991). En la actualidad, la protección del medioambiente, así como la evaluación de las amenazas al mismo, son temas de gran relevancia y puede decirse que su objetivo principal es preservar la biodiversidad. La interacción entre biodiversidad e informática ha sido de tal importancia que ha dado lugar a una nueva disciplina: la bioinformática (Govindaraj, 2001). Tras este objetivo, la información existente en las colecciones biológicas es de gran utilidad ya que cada espécimen almacenado en ellas es una muestra de lo que vivió en un lugar y en un momento determinado. El paso previo a todo estudio pasa por la informatización y gestión de las colecciones. Una vez que las colecciones biológicas son informatizadas están disponibles para su tratamiento computacional. El proyecto DiGIR (Distributed Generic Information Retrieval) ofrece un portal de búsqueda de colecciones biológicas. Su engine intercambia datos estructurados desde múltiples y heterogéneas bases de datos a través de Internet implementando un protocolo de comunicación independiente de los datos a intercambiar y de las fuentes de donde se obtienen los datos. DiGIR es un proyecto Open Source alojado en Source Forge http://digir.sourceforge.net con arquitectura J2EE)desarrollado bajo Licencias Públicas Generales (GPL). En el año 2004 en el Centro Nacional Nacional Patagónico dependiente de CONICET, en el marco del proyecto de la Red de Colecciones Biológicas Argentinas (financiado por Gbif) se constituyó en el primer proveedor de datos DiGIR de nuestro país, iniciando la publicación de información sobre colecciones biológicas argentinas. Este trabajo pretende ser una contribución a este propósito, sus autores han participado en la implementación del nuevo portal de la Red de Colecciones Argentinas, han implementado proveedores de datos DiGIR y se han unido al grupo de desarrollo de SourceForge generando una nueva versión del portal, llamado PDA (Portal DiGIR Ampliado), el cual aporta control de acceso e internacionalización entre otras mejoras.  Objetivos de Investigación y Desarrollo • Procesamiento de consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas • Protocolos de intercambio de información sobre colecciones biológicas • Estándar de intercambio Darwin Core • Proyecto DiGIR • Utilización de Sistemas de Directorios para implementar repositorios de usuarios • Implementación de componentes de Control de Acceso e Internacionalización en aplicaciones J2EE  Resultados Ha sido necesaria la sinergia entre la informática y la biodiversidad (bioinformática) y en este punto hay organizaciones que han promovido la definición de estándares para el intercambio de información biológica, ellos son: GBIF (Global Biodiversity Information Facility)  y BioCASE (Biological Collection Access Service)   GBIF se concibe como una red de bases de datos interconectadas que pretende ser una herramienta básica para el desarrollo científico de los países y contribuir significativamente a una mejor protección y uso de la biodiversidad en el planeta. Apuntando a este objetivo, GBIF impulsa el estándar Darwin Core, el cual permite integrar información de diferentes fuentes heterogéneas y distribuidas bajo el siguiente esquema:  Mediante la utilización de mediadores se realiza el intercambio de la información contenida en los distintos nodos o proveedores de información de una forma común. Esta forma de actuar hace que todos los proveedores tengan la posibilidad de incorporar sus datos a la red sin necesidad de realizar cambios sustanciales en sus bases de datos. Darwin Core propone la generación de documentos de intercambio en XML. Una de las implementaciones mas importantes de este protocolo es el proyecto DiGIR.  Proyecto DiGIR El proyecto DiGIR propone una aplicación orientada a Servicios, basada en el concepto de proveedores de datos genéricos y un motor concentrador de consultas.  Para el desarrollo de DiGIR se tuvieron en cuenta los siguientes objetivos: 1. Usar protocolos libres y estándar. 2. Separar los protocolos de comunicación de los protocolos de intercambio de datos. 3. Construir un proveedor de datos (data provider) que cumpliera el estándar de comunicación, que permita el intercambio de datos y que tenga una instalación fácil. 4. Desarrollar un sistema de código abierto bajo la filosofía de Licencias Públicas Generales (GPL) La arquitectura propuesta por DIGIR se compone de tres partes : 1. El Proveedor: fuente de información, con diferentes wrappers que permiten acceso a diferentes bases de datos y web services que implementan el access-point al cual se debe encuestar para solicitar una consulta. 2. El Registro de Proveedores: directorio de proveedores, parecido a las páginas amarillas, implementado en directorios UDDI (Universal Description, Discovery and Integration) donde se registran los end-point de web services de cada proveedor. 3. El Portal: recibe las peticiones de los usuarios y las comunica al “motor de consultas”, el cual encuesta a cada uno de los proveedores registrados para obtener los elementos que coinciden con la consulta solicitada por el usuario. Portal DiGIREngine deConsultasRegistroDe Proveedores(UDDI)WebServiceProveedor 1BD BD BDWebServiceProveedor NBD BD BDINTERNET Se ha comprobado la necesidad que el Portal DiGIR posea control de usuarios, para una gestión adecuada,  e  internacionalización, principal característica de “amigabilidad” de todo portal, además, partiendo de estas nuevas prestaciones se habilitan desarrollos futuros que enriquecerán aun más al portal, como por ejemplo técnicas de inteligencia artificial para mejorar la extracción de conocimiento existente en las colecciones biológicas o agentes de traducción automática.  Proyecto PDA En función de estas necesidades se motiva el desarrollo de una nueva versión llamada PDA (Portal DiGIR ampliado), el cual por el momento agrega características de Control de Acceso e Internacionalización ampliando la arquitectura del portal de la siguiente manera:   authentication: Esta API provee clases para realizar autenticación utilizando la API JAAS, (incluida en el JDK) la cual provee una capa de abstracción para las aplicaciones, separando la tecnología subyacente para autenticación y autorización. Las aplicaciones pueden cambiar de mecanismo de autenticación sin cambiar código a nivel de aplicación. De esta manera, distintos tipos de tecnologías de autenticación se puedan adicionar a este módulo con tan solo cambiar un archivo de configuración y agregar la clase para dicha prestación, sin modificar las clases existente. En nuestro caso utilizamos un servidor de directorios LDAP accediendo a través de JNDI (Java Naming and Directory Interface) para autenticar usuarios. JNDI es una API (incluida en el JDK) que permite buscar objetos y nombres a través de su nombre en un servidor de directorios.   administration: Esta API permite la administración de usuarios y roles. Dado que la administración de usuarios no esta contemplada en la tecnología que provee JAAS, se implementaron clases que permiten hacer altas, modificaciones, bajas y búsquedas en el servidor que soporte los datos de los usuarios a administrar. En este caso se implementaron dichos servicios para un servidor de directorios LDAP accediendo al mismo a través de la API JNDI. En la implementación se utilizaron  Portal Access Control de Acceso e Internacionalización  Portal Digir   Browser     Usuario request response Properties Resources Properties Resources Servidor LDAP  BD LDAP Portal DiGIR Ampliado interfaces que permiten cambiar de tecnología de acceso a los datos con facilidad.  presentation: En este paquete se incluyen las clases utilizada por la aplicación para interactuar con el usuario y dar acceso al portal DiGIR. La interfaz con el usuario se construyó utilizando la especificación de Java Service Faces (JSF). Utilizando MyFaces 1.1  por tratarse de una implementación de JSF de Software Libre, perteneciente al Proyecto Apache. JSF es un framework de desarrollo de aplicaciones Web que utiliza una arquitectura  MVC (Model-View-Controller). JSF instala en la aplicación Web un controlador (Controller) que se encarga de la gestión de los formularios y de la navegación entre páginas. La interfaz con el usuario (View) corresponden a archivos JSP (Java Services Pages) que incluyen componentes UI (User Interface) como por ejemplo text box, buttons, label, radio buttons, etc. La lógica del negocio (Model) está implementada en clases java llamadas backend beans, las mismas atienden a eventos producidos por los componentes UI.   Internacionalización en PDA En el proceso de internacionalización podemos distinguir dos partes: todo lo relativo al código ampliado y lo relativo al código existente. En el primero dicho proceso fue el más sencillo dado que la arquitectura y diseño del código contempló desde el comienzo la internacionalización. En el caso del código existente hubo que aplicar distintas técnicas para adaptarlo a esta nueva característica.  En el caso del código nuevo que utiliza la metodología Java Server Pages donde la internacionalización ya está contemplada. En la práctica consistió en construir los archivos JSP de modo que la soporten. Para ello se incluyeron los tags que definen la configuración a utilizar y el nombre de archivo de propiedades.  <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"> <html>  <f:view locale="#{Login.locale}">   <f:loadBundle basename="Message" var="bundle" /> <head>   <base href="<%=basePath%>"> Tags JSP  En este ejemplo la variable locale toma el valor definido en la Login.java donde tiene el lenguaje y country indicados. En el tag f: loadBundle se define cual es el nombre del archivo de propiedades (basename) y cual es la referencia para acceder a él (bundle) .  Para hacer uso de identificadores o constantes internacionalizados se procede del siguiente modo:  … <h:panelGrid columns="2">  <h:outputLabel for="username" rendered="true"    value="#{bundle.Login_username}"></h:outputLabel> … </h:panelGrid> … Tags JSP  Login_username es una entrada en el archivo de propiedades. En el caso del código preexistente se aplicaron tres técnicas de internacionalización según se  tratara de Java Server Pages (JSP), Java Scripts (JS) o código Java puro, como son los servlets, dada las características propias de estos lenguajes. Las modificaciones solo se hicieron en la capa de presentación y se trató de ser lo menos invasivo posible a la hora de realizar modificaciones para evitar efectos colaterales. Solo se modificó la secuencia de código que construye la interfaz gráfica de usuario.  Por ejemplo, en los Java Server Pages hubo que hacer adaptaciones para ello se creo un languaje.jsp para incluir al comienzo de los jsp a internacionalizar   <%@ page import="java.util.*"  %>  <% String language = new String((String)session.getAttribute("language")); String country = new String((String)session.getAttribute("country")); Locale currentLocale = new Locale(language, country); ResourceBundle messages = ResourceBundle.getBundle("Message",currentLocale); %> Languaje.jsp  De esta manera se tiene acceso desde el jsp a los atributos de sesión language y country para luego poder definir la referencia messages que nos conecta con los recursos de internacionalización almacenados en los archivos de propiedades1. Por ejemplo en home.jsp definimos una serie de variables Java ya internacionalizadas llamando al método getString(). En el código siguiente se muestra la variable pageTitle  ...  <%@ include file="language.jsp" %>  <% String pageTitle = messages.getString("home_pageTitle"); %>  <% ... Variable internacionalizada   PDA como portal de la Red de Colecciones Argentinas  Se ha instalado PDA como portal de búsqueda de la Red de Colecciones Argentinas. El acceso al mismo es http://base.cenpat.edu.ar:8080/pres/Login.faces  y su GUI se muestra en la figura siguiente.  Conclusiones El desarrollo del trabajo ha significado una fuerte interiorización y compromiso con el proyecto DiGIR promovido por GBIF, y ha generado aportes concretos a diferentes beneficiarios, entre los que se destacan:  Red de Colecciones Biológicas Argentinas:                                                           1 Por ejemplo Message_sp_SP.properties La cual como resultado ha obtenido un nuevo portal de acceso y búsqueda de colecciones. Proyecto DiGIR: Ya que el resultado de este trabajo fue aceptado por el grupo de desarrollo internacional para formar parte del próximo CVS del portal DiGIR. CENPAT - CONICET Con su proveedor DiGIR   Agradecimientos Un sincero agradecimiento al Centro Nacional Patagónico (CENPAT – CONICET) por la motivación y el apoyo. También a los desarrolladores de DiGIR cuyo producto es el origen de este trabajo.  Bibliografía y Referencias • Proyecto DiGIR  http://www.digir.net  • Barlen Thomas, Wolfgang Eckert, John Taylor, Klaus Tebbe, Wendy Thom-son, Marc Willems -Implementation and Practical Use of LDAP on the IBM iSeries Server - IBM Redbooks - April 2002 - ISBN 0738424641 • Bellas Fernando. IEEE INTERNET COMPUTING -Standards for Second-Generation Portals, University of A Coruña, Spain. 2004. • Dagient Valentina, Rimgaudas Laucius, IEEE, INTERNATIONALIZA-TION OF OPEN SOURCE SOFTWARE: FRAMEWORK AND SOME IS-SUES Informatics Methodology Department. Institute of Mathematics and Informatics. Vilnius, Lithuania dagieneGJkt1.mii.h; rimga@kl.mii.lt . 2004. •http://developers.sun.com/prodtech/javatools/jscreator/reference/techart/2/jaas_authentication.html •http://developers.sun.com/prodtech/javatools/jscreator/reference/techart/2/il8n.html • Jewell Tyler, David Chappell, Java Web Service, March 2002, O’Reilly. • Perez Perez Ramón. Sistema Multiagente para la Gestión de Colecciones Complejas. Tesis Doctoral. Dr. Universidad de Granada. 2006. Contacto con los autores • Renato Mazzanti (02965) - 451117 renato.mazzanti@gmail.com • Gustavo Samec (02965) - 471930 gsamec@gmail.com • Carlos Buckle (02965)-15673949 cbuckle@hms-tech.com 

http://sedici.unlp.edu.ar/bitstream/handle/10915/20440/Documento_completo.pdf?sequence=1

PDA – Portal DiGIR Ampliado : Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet

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