Penelitian ini mengangkat judul Pengelolaan Pembelajaran Berbasis Sistem Kredit Semester di Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto. Penelitian ini dilatar belakangi oleh suksesnya program-program yang dilaksanakan di madrasah. Diantaranya program pembelajaran berbasis SKS yang bertujuan untuk meningkatkan kemandirian siswa dalam belajar dan meningkatkan prestasinya. Penelitian ini memiliki tiga fokus penelitian, yaitu konsep sistem kredit semester, penerapan pembelajaran berbasis sistem kredit semester, dan pengelolaan pembelajaran berbasis sistem kredit semester dalam meningkatkan prestasi siswa di MAN 1 Mojokerto. Penelitian ini termasuk jenis penelitian kualitatif dengan menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif, dengan cara pengumpulan data: wawancara, observasi dan dokumentasi. Penelitian ini menemukan tiga hal penting. Pertama, konsep sistem kredit semester yang di dalamnya menjelaskan langkah-langkah, tujuan, peraturan-peraturan serta struktur organisasi SKS. Kedua, penerapan pembelajaran berbasis sistem kredit semester yang di dalamnya menjelaskan sosialisasi kepada wali murid dengan menunjukkan bukti-bukti contoknya SK bahwa madrasah benar menerapkan pembelajaran berbasis SKS, tugas pembimbing akademik / wali kelas, rasio SDM serta fasilitas yang merata. Ketiga, pengelolaan pembelajaran berbasis sistem kredit semester dalam meningkatkan prestasi siswa yang di dalamnya menjelaskan peningkatan prestasi siswa dari tahun ke tahun, cara mengevaluasi prestasi siswa dan evaluasi pengelolaan pembelajaran SKS di MAN 1 Mojokerto. Dengan adanya pengelolaan pembelajaran maka akan mengingkatkan kualitas mutu pendidikan
