Mise au point d’un système de PCR en temps réel "pan-poxvirus"

Abstract

Au vu de l’état actuel des connaissances, la majorité des poxvirus animaliers restent encore à découvrir ainsi que leurs réservoirs(i). Le risque d'émergence d'un nouveau poxvirus chez l'homme depuis l’arrêt de la vaccination antivariolique (ii). Aucun système de PCR totalement "pan-pox" actuellement rapporté dans la littérature(iii). C'est pour ces trois raisons que nous avons travaillé à la mise au point d'un système de PCR en temps réel qui ciblerait une séquence conservée chez tous les Poxviridae. Grace à un système de Blast interne nous avons réussi à trouver une séquence ultra conservée parmi tous les poxvirus dans le gène E6R. Après une mise au point technique complexe nous avons testé notre système sur différentes souches de poxvirus ainsi que sur les gènes synthétiques pour mimer des poxvirus plus rares et pour quantifier les performances de notre système. Notre système est performant (R² compris entre 0.95 et 0.99), sensible (limites de détection entre 100 et 10 000 copies d'ADN, répétable et reproductible (SD < 1°C pour le SybrGreen® et < 2Ct pour le TaqMan®). Après ajustement nous sommes arrivés à une spécificité de 95% en système TaqMan®. Pour les poxvirus concernés, notre système est comparable aux systèmes utilisés en routine hospitalière.Nous rapportons dans ce travail le premier système de qPCR "pan-pox" testé et validé sur des ADN issus de souches et des ADN synthétiques quantifiés. Ce travail constitue un véritable accélérateur de découvertes car ce système, contrairement à la métagénomique, est accessible à tous. Son utilisation peut être diagnostique comme épidémiologique et promet l'accès à la partie immergée des poxvirus