ABSTRACT Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) constitute the main phytosanitary problem of tomato crop in tropical and subtropical regions of the world. These viruses are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci, which in recent years has had a significant increase in its populations, and has been associated with the appearance of viral symptoms in tomato crops in Panama. A survey was carried out on industrial tomato crops from Los Santos province in the period 2016-2017, with the objective of determine the incidence of begomovirus in this region. Seventy leaf samples from tomato plants showing symptoms associated to viral infections were collected in nine plots located in seven distinct locations, which constitute the main tomato producing zones in this province. DNA extraction was performed from each sample and the extracts were analyzed by the polymerase chain reaction (PCR) technique, using two pairs of degenerate primers to detect the genus Begomovirus. Samples that showed a positive reaction were analyzed with specific primers to identify the three begomovirus species that infect tomato in Panama, being these, Potato yellow mosaic Panama virus (PYMPV), Tomato yellow mottle virus (TYMoV) and Tomato leaf curl Sinaloa virus (ToLCSiV). Fifty-eight (58) tomato samples (82.9% of the total samples collected) were begomovirus positive. One hundred percent (100%) of these samples was infected with PYMPV. The presence of TYMoV and ToLCSiV was not determined in the analyzed samples. These results were confirmed by DNA sequencing and sequences analysis. The association of PYMPV with the serious damage recently suffered by the tomato industry with the decrease of its production is discussed in this study.RESUMEN Los begomovirus (género Begomovirus, familia Geminiviridae) constituyen el principal problema fitosanitario del cultivo de tomate en las regiones tropicales y subtropicales del mundo. Estos virus se transmiten por la mosca blanca Bemisia tabaci, la que en los últimos años ha tenido un incremento significativo en sus poblaciones, y se ha asociado con la aparición de síntomas virales en cultivos de tomate en Panamá. Se realizó una prospección en cultivos de tomate industrial en la provincia de Los Santos en el período 2016-2017, con el objetivo de determinar la incidencia de begomovirus en esta región. Se recolectaron 70 muestras de hojas de plantas de tomate mostrando síntomas asociados a infecciones virales, en nueve parcelas ubicadas en siete localidades distintas, quienes constituyen las principales zonas productoras de tomate en esta provincia. Se realizó la extracción de ADN de cada muestra y los extractos se analizaron mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), utilizando dos parejas de iniciadores degenerados para detectar begomovirus. Las muestras que mostraron una reacción positiva se analizaron con iniciadores específicos para identificar las tres especies de begomovirus que infectan tomate en Panamá, siendo estas, el virus del mosaico amarillo de la papa de Panamá (PYMPV), virus del moteado amarillo del tomate (TYMoV) y el virus del enrollamiento de la hoja de tomate de Sinaloa (ToLCSiV). Cincuenta y ocho (58) muestras de tomate (82,9% del total de muestras recolectadas) resultaron positivas a begomovirus. El 100% de estas muestras resultó infectado con PYMPV. No se determinó la presencia de TYMoV y ToLCSiV en las muestras analizadas. Estos resultados se confirmaron mediante secuenciación de ADN y análisis de secuencias. Se discute en este estudio la asociación de PYMPV con los graves daños que ha sufrido recientemente el sector tomatero con la baja de su producción