Objective: To identify chromosomal imbalances by whole-genome microarray-based comparative genomic hybridization (array-CGH) in DNA samples of neonates with congenital anomalies of unknown cause from a birth defects monitoring program at a public maternity hospital. Methods: A blind genomic analysis was performed retrospectively in 35 stored DNA samples of neonates born between July of 2011 and December of 2012. All potential DNA copy number variations detected (CNVs) were matched with those reported in public genomic databases, and their clinical significance was evaluated. Results: Out of a total of 35 samples tested, 13 genomic imbalances were detected in 12/ 35 cases (34.3%). In 4/35 cases (11.4%), chromosomal imbalances could be defined as pathogenic; in 5/35 (14.3%) cases, DNA CNVs of uncertain clinical significance were identified; and in 4/ 35 cases (11.4%), normal variants were detected. Among the four cases with results considered causally related to the clinical findings, two of the four (50%) showed causative alterations already associated with well-defined microdeletion syndromes. In two of the four samples (50%), the chromosomal imbalances found, although predicted as pathogenic, had not been previously associated with recognized clinical entities.Conclusions: Array-CGH analysis allowed for a higher rate of detection of chromosomal ano-malies, and this determination is especially valuable in neonates with congenital anomalies ofunknown etiology, or in cases in which karyotype results cannot be obtained. Moreover, althoughthe interpretation of the results must be refined, this method is a robust and precise tool thatcan be used in the first-line investigation of congenital anomalies, and should be considered forprospective/retrospective analyses of DNA samples by birth defect monitoring programs.Objetivo: Identificar desequilíbrios cromossômicos por meio da hibridizac¸ão genômica compa-rativa baseada em microarranjos (CGH-array) em amostras de DNA de neonatos com anomaliascongênitas de causa desconhecida de um programa de monitoramento de defeitos congênitosem uma maternidade pública.Métodos: Uma análise genômica cega foi realizada retrospectivamente em 35 amostras armaze-nadas de DNA de neonatos nascidos entre julho de 2011 e dezembro de 2012. Todas as possíveisvariac¸ões no número de cópias (CNVs) de DNA foram comparadas com as relatadas em bases dedados genômicos públicas, e sua relevância clínica foi avaliada.Resultados: De um total de 35 amostras testadas, foram detectados 13 desequilíbrios genômi-cos em 12/35 casos (34,3%). Em 4/35 casos (11,4%), os desequilíbrios cromossômicos poderiamser definidos como patogênicos; em 5/35 (14,3%) deles foram identificadas CNVs de DNA derelevância clínica incerta; e, em 4/35 (11,4%), foram detectadas variac¸ões normais. Dentre osquatro casos com resultados considerados relacionados causalmente aos achados clínicos, 2/4(50%) apresentaram alterac¸ões causais já relacionadas a síndromes de microdelec¸ão bem defi-nidas. Em 2/4 amostras (50%), os desequilíbrios cromossômicos encontrados, embora preditivoscomo patogênicos, não estavam relacionados anteriormente a entidades clínicas reconhecidas Conclusões: A análise de CGH-array permitiu maior taxa de detecc¸ão de anomalias cromossô-micas, e essa determinac¸ão é valiosa principalmente em neonatos com anomalias congênitas deetiologia desconhecida ou em casos em que os resultados do cariótipo não podem ser obtidos.Além disso, embora a interpretac¸ão dos resultados deva ser refinada, esse método é uma fer-ramenta robusta e precisa que pode ser usada na investigac¸ão de primeira linha de anomaliascongênitas e deve ser considerada em análises futuras
