Objective: To study the prevalence and factors associated with excess weight in children enrolled in public schools in the states of Rio Grande do Sul (RS) and Santa Catarina (SC). Methods: This was a cross-sectional study, carried out with children aged 4 to 6 years. The studied outcome was excess weight, defined by z-score > two standard deviations for body mass index (BMI)/age, compared with the World Health Organization (WHO) reference population of 2006/2007. Anthropometric measurements of body mass and height were measured in duplicate using standard techniques, in accordance with the WHO. Data were double entered using EPI-INFO software, release 6.04. Absolute and relative frequencies were calculated, as well as mean values and standard deviations. Associations between excess weight and other variables were assessed by using Poisson model with robust variance. STATA software release 12.0 was used (p 2DP para o Índice de Massa Corporal (IMC)/idade, em comparação com a população de referência da OMS 2006/2007. As medidas antropométricas de massa corporal e altura foram aferidas em duplicata, utilizando-se técnicas padronizadas conforme a Organização Mundial de Saúde (OMS). Os dados foram duplamente digitados utilizando o software EPI-INFO, versão 6.04. Foram calculadas frequências absolutas e relativas e médias (DP). Associações entre excesso de peso e demais variáveis foram avaliadas em modelo de Poisson de variância robusta. Foi utilizado o programa STATA versão 12.0 (p < 0,05). Resultados: Foram avaliadas 4.914 crianças (RS 2.578 e SC 2.336). No RS, o excesso de peso foi de 14,4% (IC 95% = 13,1-15,8%) e, em SC, de 7,5% (IC 95% = 6,5-8,7%). As variáveis que apresentaram associação com o excesso de peso foram: número de moradores no domicílio; escolaridade materna; situação conjugal; número de filhos; idade materna ao nascimento do primeiro filho; idade gestacional; e o peso ao nascer. Conclusão: As crianças matriculadas nas pré-escolas públicas do RS apresentaram uma prevalência de excesso de peso duas vezes maior do que a identificada em SC, demonstrando uma diferença significativa na magnitude da obesidade infantil em dois estados brasileiros situados em uma mesma região