A soja transgênica resistente ao herbicida glifosato (RG) tem sido amplamente utilizada devido a proporcionar o eficiente controle de plantas daninhas. O herbicida glifosato é o composto mais utilizado em soja RR, e possui características de baixa toxicidade e rápida degradação. Porém, este herbicida pode causar amarelecimento das folhas logo após a aplicação e resultar na imobilização de micronutrientes, principalmente Fe e Mn, no solo e nas plantas. Os objetivos deste estudo foram avaliar os efeitos do herbicida glifosato em soja RG em função da dose do herbicida, da variabilidade genética de cultivares e da disponibilidade de micronutrientes sobre parâmetros fisiológicos, nutricionais, e de crescimento da cultura e no rendimento de grãos. O primeiro experimentos a campo consistiu da avaliação de 8 cultivares transgênicas e suas respectivas linhas isogênicas com aplicação de glifosato na dose de 900 g ha-1. O segundo experimento a campo avaliou o efeito do adubo foliar com micronutrientes em interação com duas cultivares de soja tratadas com glifosato. Os experimentos em casa de vegetação foram conduzidos em sistema hidropônico com a presença e ausência de Fe e Mn na solução nutritiva com 3 cultivares e diferentes doses de glifosato. O herbicida glifosato na dose de 900 g ha-1 diminuiu o rendimento de grãos das cultivares BRS Estância RR, BRS Taura RR e Fundacep 59 RR. A aplicação de adubo foliar não resultou em incremento no rendimento de grãos nas cultivares avaliadas. O efeito do herbicida glifosato não alterou a dinâmica dos micronutrientes Fe e Mn em 2 cultivares em comparação com as respectivas cultivares isogênicas próximas. Apenas a cultivar BRS Taura RR apresentou menor acúmulo de Fe foliar em comparação com a sua linha isogênica BRS 154. A fluorescência da clorofila, apesar de ser uma medida rápida e não destrutiva, apresentou grande variabilidade, e necessita de aprimoramentos para a determinação dos efeitos secundários do herbicida glifosato em soja. As generalizações sobre o efeito do herbicida glifosato em soja RG e da resposta da adubação foliar com micronutrientes não foram evidenciadas no presente estudo. Assim, isto indica a necessidade de estudos adicionais em relação ao diagnóstico dos fatores envolvidos no desenvolvimento de cultivares nas recomendações de nutrição mineral em soja RG.The transgenic soybean resistant to glyphosate (RG) has been widely used due to provide effective weed control. The glyphosate herbicide is the compound most often used in soybean RR, and has characteristics of low toxicity and rapid degradation. However, this herbicide can cause a symptom called yellow flashing immediately after application and may result in the immobilization of micronutrients, especially Fe and Mn, in the soil and plants. The objectives of this study was to evaluate the effects of the herbicide glyphosate in soybeans RR in function of the herbicide rates, the genetic variability of cultivars and the availability of micronutrients through physiological and nutritional parameters, crop growth and grain yield analysis. The first field experiments consisted of evaluating 8 transgenic cultivars and their respective isogenic lines with application of glyphosate at doses of 900 g ha-1. The second field experiment evaluated the effect of foliar fertilization with micronutrients applied in interaction with two soybean cultivars treated with glyphosate. The greenhouse experiments were conducted in a hydroponic system in the presence and absence of Fe and Mn in the nutrient solution with 2 cultivars and different doses of glyphosate. The herbicide glyphosate at a dose of 900 g ha-1 decreased the grain yield of the cultivars BRS Estância RR, BRS Taura RR and Fundacep 59 RR. The application of foliar fertilizer did not increased the grain yield in the cultivars tested. The effect of the glyphosate did not alter the dynamics of micronutrients Fe and Mn in 3 cultivars analyzed in comparison to their isogenic cultivars. Only BRS Taura RR accumulated less Fe in comparison with its isogenic line BRS 154. The fluorescence of chlorophyll is a rapid and nondestructive method for the evaluation of physiological stresses, but it needs improvements for the determination of the secondary effects of the herbicide glyphosate in soybean RG. The generalizations about the effect of the herbicide glyphosate in transgenic soybean and the effect of foliar application of micronutrients had not been demonstrated in the present study. These effects indicate the requirements of additional studies in the diagnosis of the factors involved in the development of cultivars RG and for the recommendations of mineral nutrition in soybean RG