Lymphomas are classified into Hodgkin and non-Hodgkin lymphomas (HL and NHL), and they are further categorized into tens of different subtypes. This thesis has focused on two rare lymphoma subtypes: nodular lymphocyte predominant Hodgkin lymphoma (NLPHL) and primary mediastinal large B-cell lymphoma (PMBCL). Although the majority of lymphomas are sporadic, a familial component has been observed in both HL and NHL. The aim of this thesis was to study the genetic background of familial NLPHL and PMBCL predisposition.
HL is classified into NLPHL and classical Hodgkin lymphoma (cHL). Germline mutations of the KLHDC8B gene have been observed in some families with cHL. In this study, the KLHDC8B gene was analyzed in four families with NLPHL, but mutations were not detected. The results suggest that germline mutations of KLHDC8B do not underlie familial NLPHL susceptibility.
To clarify the genetic basis of NLPHL predisposition, a Finnish family with NLPHL susceptibility was studied with new genome-wide methods, SNP microarray and exome sequencing. Data from these two efforts were integrated, and a germline deletion of two nucleotides (c.2437-2438delAG) was observed in the NPAT gene. Subsequently, NPAT was screened in a number of familial and sporadic HL cases, and an in-frame deletion of one serine residue was found to be more frequent in the cases versus healthy controls (odds ratio 4.11, p = 0.018). Thus, NPAT was identified as a candidate gene for NLPHL predisposition.
The familial risk in NLPHL was studied by using the Finnish Cancer Registry (FCR) and the Finnish Population Registries. Altogether 693 patients with NLPHL were identified, and a family member cohort comprising of the first-degree relatives of 692 patients was collected. Cancer data for the relatives was derived from the FCR. We calculated the standardized incidence ratios (SIRs) for all cancers, NHL, cHL and NLPHL in the family member cohort. In addition, the primary tumor samples from 20 first-degree relatives with HL diagnosis were histopathologically reviewed. In the family member cohort, the SIR for NLPHL was 19. Thus, a high familial risk in NLPHL was observed, suggesting that familial factors contribute to NLPHL susceptibility. An increased relative risk for NHL and cHL was also observed.
We studied a family of three siblings with PMBCL and a cousin affected by diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Re-examination of tumor samples revealed that all four tumors resembled each other histopathologically, proposing a common background. Genome-wide SNP array, linkage analysis and exome sequencing were performed to identify the genetic factor underlying PMBCL/DLBCL in this family. A missense change c.5533C>A (His1845Asn) was detected in the MLL gene and was the only non-database variation residing in linked regions and segregating in lymphoma affected family members. To our knowledge, this is the first description of familial clustering of PMBCL. Our findings suggest that sometimes PMBCL may arise in the context of familial predisposition, and MLL was identified as a candidate gene for PMBCL susceptibility. However, our observations are preliminary, and need to be confirmed in future studies.Lymfoomat ovat imukudoksen kasvaimia, jotka luokitellaan Hodgkinin ja non-Hodgkin lymfoomiin (HL ja NHL), sekä edelleen useisiin eri alatyyppeihin. Suurin osa lymfoomista on sattumalta syntyneitä, mutta pienen osan on havaittu esiintyvän perheittäin. Perheittäin esiintyvien lymfoomien etiologia ja geenitausta on kuitenkin huonosti tunnettu. Väitöskirjatutkimuksessa selvitettiin kahden harvinaisen lymfoomatyypin, nodulaarisen lymfosyyttivaltaisen Hodgkinin lymfooman (NLPHL) sekä primaarin mediastinaalisen suurisoluisen B-solulymfooman (PMBCL), periytyvän muodon geenitaustaa.
HL:n päätyypit ovat klassinen HL sekä NLPHL. Klassisen HL:n periytyvän muodon taustalta on kuvattu geenivirheitä KLHDC8B-geenissä. Tutkimuksessa selvitetiin, löytyykö myös NLPHL-suvuissa geenivirheitä kyseisestä geenistä. KLHDC8B-geeni analysoitiin neljästä tunnetusta NLPHL-suvusta. Geenivirheitä ei todettu, mikä viittaa siihen, että KLHDC8B-geenin geenivirheet eivät ole perheittän esiintyvän NLPHL:n syy.
Tutkimuksen toisessa osassa tavoitteena oli tunnistaa NLPHL:lle altistava geenivirhe suomalaisessa NLPHL-suvussa. Menetelminä käytettiin genominlaajuista SNP-mikrosirua sekä eksomisekvenointia. Menetelmien tuottamaa tietoa yhdistämällä tunnistetiin suomalaisessa NLPHL-suvussa NPAT-geenin geenivirhe. Kyseessä oli kahden emäksen deleetio c.2437-2438delAG. Jatkoselvityksissä tutkittiin suurta määrää suomalaisia ja englantilaisia HL-potilaita, ja tunnistettiin toinen NPAT-geenin muutos, jota esiintyi merkittävästi enemmän HL-potilailla kuin terveillä henkilöillä. Näin ollen tutkimuksessa tunnistettiin mahdollinen perinnöllisen NLPHL:n alttiusgeeni.
Väitöstyön kolmannessa osassa arvioitiin Suomen syöpärekisteristä kerätyn tiedon avulla erityyppisten lymfoomien riskiä NLPHL-potilaiden ensimmäisen asteen sukulaisilla. Syöpärekisteristä löydettiin 693 NLPHL-potilasta, ja heidän ensimmäisen asteen sukulaisensa selvitettiin. Sukulaisten syöpätiedot kerättiin syöpärekisteristä, ja niiden perusteella tarkasteltiin eri lymfoomien esiintyvyyttä sukulaisjoukossa. Lisäksi HL:an sairastuneiden sukulaisten kasvainnäytteitä tutkittiin uudelleen hematopatologin toimesta. Tutkimuksessa havaittiin, että lähisukulaisilla oli noin 19-kertainen sairastumisriski NLPHL:an muuhun väestöön verrattuna. Tutkimustulos viittaa siihen, että familiaaliset tekijät, kuten ympäristö- tai geneettiset tekijät, voivat vaikuttaa NLPHL:n riskiin. Myös klassisen HL:n sekä NHL:n riski oli sukulaisjoukossa suurempi kuin muulla väestöllä.
Väitöskirjan neljännessä osassa tunnistettiin suomalainen PMBCL-suku, joka on tiettävästi ensimmäinen raportoitu tapaus, jossa PMBCL esiintyy perheittäin. Sukua tutkittiin genominlaajuisen SNP-mikrosirun ja eksomisekvensoinnin avulla. Suvussa tunnistettiin MLL-geenin variantti c.5533C>A (His1845Asn), jota ei löytynyt terveiltä henkilöiltä tai geneettisistä tietokannoista. Näin ollen MLL-geenin muutokset saattavat liittyä perinnölliseen PMBCL-alttiuteen. Tutkimustulokset mahdollistavat uusien PMBCL-perheiden tunnistamisen, mikä edesauttaisi tämän uuden tautikokonaisuuden kliinistä ja geneettistä karakterisointia
