Opas antaa vesinäytteitä ottaville yleistietoa Suomen vesistöjen erityispiirteistä, vesistöjen tilan tutkimuksesta sekä näytteenoton tavanomaisimmista kysymyksistä. Näytteenoton tarpeellisina taustatietoina on selostettu järven lämpötalous, kaasutalous, ravinnetalous, rehevöityminen ja plankton. Näitä tarkastellaan näytteenottoon ja näytteistä tehtävien määritysten kannalta. Näytteiden oton tavoitteena on, että näytteet edustavat mahdollisimman hyvin sitä paikkaa, aluetta ja tilannetta, joka vastaa kyseisen tutkimus- tai seurantaohjelman tarkoitusta. Tämä edellyttää näytteenottajalta riittäviä tietoja työskentelyalueensa vesiluonnosta ja vesivaroista sekä niiden ominaisuuksista, joita oppaan vesistötieto-osassa on kuvattu.Oppaan kenttätutkimusosassa annetaan käytännön tietoa näytteenottoon valmistautumisesta sekä keskeisimmistä fysikaalisista, kemiallisista ja biologisista näytteenotto- ja havaintomenetelmistä sekä niiden soveltamisesta joki-, järvi- ja rannikkoalueilla. Lisäksi tarkastellaan kasviplanktonin, pohjaeläinten, päällyskasvuston ja pohjasedimenttinäytteenoton erityispiirteitä sekä vesikasvi-, kala- ja uimavesitutkimusten tekemistä. Näytteenottajan huomiota pyritään kiinnittämään myös näytteenoton virhemahdollisuuksiin ja virheiden välttämiseen. Oppaan liiteosassa on kattava luettelo vesitutkimusten näytteenoton jo valmistuneista ja valmisteilla olevista standardeista v. 2007 lopun tilanteessa
