Tämä vesienhoidon tutkimusohjelmaan sisältyvien kahden osahankkeen (SeMaTo ja KuVe) yhteinen loppuraportti on ensimmäinen, jossa on tarkasteltu maatalouden kuormitusta ja sen hallintaa laajempana kokonaisuutena. Tutkimuksen tulokset osoittavat, että maatalouden ympäristötoimenpiteiden kustannuksista ja tehokkuudesta valuma-aluetasolla on niukasti tietoa ja tuloksissa on suurta epävarmuutta. Luotettavuuden parantaminen vaatii mm. seurannan automatisointia pienillä valuma-alueilla, kuormitusmallien prosessikuvausten edelleen kehittämistä toimenpide- ja kasvilajitarkkuuteen saakka sekä tarkemman korkeusmalliaineiston käyttöä ja eloperäisten maiden huomioimista.
Maatalouden ympäristötoimenpiteiden samanaikaisia kustannus- ja ympäristövaikutuksia arvioitaessa lähtökohtana voi olla tilatason taloudellinen optimointi tai vaihtoehtoisesti ympäristötukijärjestelmä, joilla pyritään vastaamaan eri kysymyksiin. Tilatason kannattavuuteen ja ympäristötoimenpiteiden todellisiin kustannuksiin perustuva taloudellinen tarkastelu perimmiltään pyrkii avaamaan yhteiskunnallista ja kansantaloudellista näkökulmaa. Ympäristötukijärjestelmään perustuva taloudellinen tarkastelu taas pyrkii arvioimaan voimassa olevan poliittisesti hyväksytyn järjestelmän ympäristötehokkuutta ja osoittamaan järjestelmän kehittämistarpeita.
Maatiloilla ympäristötoimenpiteitä koskevat valinnat perustuvat pitkälti tiloilla vallitsevaan tuotannolliseen infrastruktuuriin ja eri vaihtoehtojen kannattavuuteen. Ympäristötukijärjestelmä taas sisältää runsaasti vaihtoehtoehtoja, mutta heikon valinta- ja kohdentamismekanismin. Järjestelmän tulisi olla rakenteeltaan sellainen, että maatilojen valinnat täyttäisivät ympäristötavoitteet, vaikka tilatason valintapäätökset tehdäänkin taloudellisin perustein. Tämä on keskeinen ympäristötukijärjestelmän kehittämisessä huomioon otettava näkökulma
