Raportissa esitellään maatalouden ympäristötuen myötä vuosina 2003–2005 tapahtuneita tilatason viljelytoimenpiteiden muutoksia ja niiden vaikutuksia vesistökuormitukseen. Tulosten mukaan vuosien 2003–2005 viljelytoimenpiteet eivät merkittävästi poikenneet ohjelmakauden alkuvuosien 2000–2002 toimenpiteistä. Merkittävimmät muutokset, varsinkin lannoituksessa, olivat tapahtuneet jo ensimmäisellä ohjelmakaudella (1995–1999), ja niiden toteuttamista jatkettiin toisella kaudella. Nurmialat ovat 2000-luvulla vähentyneet nurmivaltaisilla alueilla sekä tietyillä viljavaltaisilla alueilla, joilla ne olivat ennestäänkin pieniä. Talviaikainen kasvipeitteisyys, mukaan luettuna kevennetysti muokattu ala, on tietyillä alueilla kasvanut tarkastelujaksolla 2000–2005. Muutos on johtunut lähinnä kevennettyjen muokkausmenetelmien mutta viime vuosina yhä enemmän myös muokkaamattomuuden lisääntymisestä, mikä liittyy suorakylvön yleistymiseen. Etelä-Suomen viljanviljelyalueilla perusmuokkausmenetelmissä on tapahtunut merkittävä muutos 1990-luvun alkupuoleen nähden. Vuoden 1994 syksyllä sänkipeitteisestä peltoalasta kynnettiin Yläneenjoen ja Lepsämänjoen tutkimusalueilla noin 90 prosenttia, kun vuonna 2005 kynnetyn alan osuus oli enää noin puolet. Peltojen fosforikuormitukseen voimakkaasti vaikuttavan helppoliukoisen fosforin pitoisuudet alenevat, mutta hyvin hitaasti. Muokkausmenetelmissä ja maan fosforipitoisuudessa tapahtuneet muutokset näkyvät myös muutoksina potentiaalisessa ravinnekuormituksessa. Esimerkiksi Yläneenjoen alueella maapartikkeleihin sitoutuneen fosforin kuormitus on muokkausmenetelmien muutosten myötä selvästi vähentynyt, mutta liukoisen fosforin kuormitus ei ole muuttunut, koska maan helppoliukoisen fosforin pitoisuudessa ei ole tapahtunut selviä muutoksia
