A FMB/UNESP tem promovido iniciativas para qualificar o ensino de graduação, para atender as Diretrizes Curriculares Nacionais na área da saúde, demanda da comunidade local e adequação às necessidades sociais em saúde. Em 2000,a FMB instituiu o Núcleo de Apoio Pedagógico (NAP), com os objetivos de elaborar proposta de avaliação contínua do ensino na graduação; oferecer apoio técnico e infra-estrutura às mudanças para a melhoria do ensino; promover a formação docente para o aprendizado de inovações metodológicas; ampliar o desenvolvimento de pesquisa em educação médica; promover a ampliação do ensino no SUS, particularmente do ensino na comunidade e na atenção primária à saúde. A criação do NAP, como órgão assessor ao Conselho de Curso de Graduação (CCG) e à Direção foi entendida pela comunidade como fundamental para implementação das mudanças. Para desempenhar seus objetivos o NAP é constituído por frentes de atuação: estrutura curricular, pesquisa e planejamento em avaliação, desenvolvimento da docência, infra-estrutura e ensino na comunidade. Participam do NAP docentes, discentes, profissionais dos serviços de saúde e duas pedagogas.Toda a formação docente realizada pauta-se por responder demandas apontadas pelo CCG, direção e de estudos da própria frente de avaliação. As características do NAP o capacitam a apoiar tanto o ensino de graduação como programas de pósgraduação voltados ao ensino na saúde. O NAP tem apoiado a postura próativa da Instituição frente às iniciativas de aperfeiçoamento e inovação do ensino, promovidas em âmbito local e nacional. Com o fortalecimento do trabalho docente e o apoio à elaboração de projetos e programas o NAP tem possibilitado a participação da FMB em iniciativas do MEC e MS para a reorientação da formação profissional em saúde