Two direct heterotrophic bacterioplankton counting methods, epifluorescence microscopy (EM) and flow cytometry (FCM) were compared using samples collected in two geographically different oceanic regions, the Adriatic Sea and the English Channel. A statistically significant correlation was found between results obtained by these two methods for samples collected in the Adriatic Sea (r =0.61, n =919, P <0.001) and in the English Channel (r =0.64, n =33, P <0.001). Samples from the Adriatic Sea showed on average 1.16 times higher values obtained by flow cytometry than val- ues estimated by epifluorescence microscopy, while samples from the English Channel showed on average a 0.74 ratio between flow cytometry and epifluorescence microscopy counts. The overall coefficient of variation for epifluorescence microscopy data for samples from the Adriatic Sea and the English Channel was 15.91% and 12.89%, respectively. The flow cytometry method had lower overall coefficient of variation value; for samples collected in the Adriatic Sea it was 3.64%, while for samples collected in the English Channel it was 1.88%Dvije direktne metode za brojanje heterotrofnog bakterioplanktona, epifluorescentna mikroskopija (EM) i protočna citometrija (FCM), uspoređene su koristeći uzorke sakupljene s dva zemljopisno različita morska područja, Jadranskog mora i Engleskog kanala. Između dvije direktne metode brojanja u uzorcima iz Jadran- skog mora (r = 0.61, n = 919, P <0.001) i Engleskog kanala (r = 0.64, n = 33, P <0.001) pronađena je statisti- čki značajna korelacija. U Jadranskom je moru metoda protočne citometrije davala u prosjeku neznatno niže rezultate u odnosu na metodu epifluorescentne mikroskopije, dok je u Engleskom kanalu broj heterotrofnih bakterija dobiven metodom epifluorescentne mikroskopije bio u prosjeku nešto veći u odnosu na protočnu citometriju. Međutim, srednji koeficijent varijacije rezultata dobivenih epifluorescentnim mikroskopom za područje Jadrana iznosio je 15.91%, za područje Engleskog kanala 12.89%, dok je protočna citometrija rezultirala nižim koeficijentima varijacije te je za uzorke iz Jadrana iznosila 3.64%, a za uzorke sakupljene u Engleskom kanalu svega 1.88%. Navedeni rezultati predstavljaju doprinos sagledavanju metode protočne citometrije kao brže, sigurnije i preciznije za brojenje bakterioplanktona u morskom okolišu
