Between 1998 and 2000, microplanktonic and microbenthic algal communities were sampled and analysed in the coastal lake Fiesa and in the Dragonja estuary. The purpose of the investigation was to establish qualitative composition and the relative abundance of algal communities. In 1999 and 2000, basic physical and chemical parameters were measured. Altogether, 159 algal taxa were determined, 83 in the coastal lake Fiesa and 120 in the Dragonja estuary. Most of the taxa belonged to the Bacillariophyceae. Thirty four percent of all taxa were typical brackish taxa. Achnanthes septata, Amphora angusta, Gyrosigma tenuissimum, Gyrosigma wansbeckii and Pleurosigma strigosum (all Bacillariophyceae) were marine species. Brackish and marine taxa were almost exclusively Bacillariophyceae. Nineteen taxa were the first citations for Slovenia, 15 of them belonging to the Bacillariophyceae and four to the Cyanophyceae. Most new taxa belong to the genus Navicula (4).U razdoblju od 1998. do 2000. uzorkovane su i analizirane mikroplanktonske i mikrobentoske zajednice algi u obalnom jezeru Fiesa i na ušću Dragonje. Cilj istraživanja bio je ustanoviti kvalitativni sastav i relativnu abundanciju zajednica algi. Osnovni fizikalni i kemijski parametri mjereni su 1999. i 2000. Utvrđeno je 159 svojta algi, 83 u jezeru Fiesa te 120 u ušću Dragonje. Većina taksona pripadala je porodici Bacillariophyceae, a 34% od ukupnog broja bile su tipične vrste boćatih voda. Morske vrste bile su Achnanthes septata, Amphora angusta, Gyrosigma tenuissimum, Gyrosigma wansbeckii i Pleurosigma strigosum (sve Bacillariophyceae). Boćati i morski taksoni bili su gotovo isključivo Bacillariophyceae. Po prvi puta za Sloveniju zabilježeno je 19 svojti, 15 iz porodice Bacillariophyceae i 4 iz porodice Cyanophyceae. Većina novih svojti pripada rodu Navicula (4)
