Management of environmental risks in river basins needs to address quality aspects of sediment – both because of its storage capacity for contaminants and due to its potential function as a secondary source of pollution. Assessment of sediment quality, however, is still prone to a number of uncertainties and insufficient information with regard to regulation, analytical methods, risk assessment and risk management. The European Water Framework Directive (WFD), e.g., has not come up with environmental quality standards for sediments. Lack of harmonization, representativeness and traceability of sediment data, not fully understood processes governing bioavailability of sediment-bound contaminants, all add up to the uncertainty that needs to be quantified. This paper details uncertainties ranging from the molecular to the basin scale level with regard to sediment quality assessment and its integration into management approaches, and it suggests ways of how to cope with a lack of data and insecure data while still developing an overview of basin wide risks.Upravljanje rizicima po okoliš u riječnim bazenima treba sadržavati i aspekt kvalitete sedimenata – zbog njihovog kapaciteta za pohranu onečišćivala, ali i zbog njihove potencijalne uloge kao sekundarnog izvora zagađenja. Međutim, procjena kvalitete sedimenata ograničena je nekim nepoznanicama i nedovoljnim brojem podataka koji se odnose na propise, analitičke metode, procjenu rizika i njegovo upravljanje. Europska direktiva za vode (European Water Framework Directive – WFD) nije još uvijek donijela standard za okolišnu kakvoću sedimenata. Nedostatak harmonizacije, reprezentativnosti i dostupnosti podataka za sedimente, kao i nedovoljno poznati procesi koji upravljaju biološkom dostupnošću onečišćivala sadržanih u sedimentu doprinose stupnju neizvjesnosti koji je potrebno kvantificirati. U radu su opisane neizvjesnosti, u rasponu od molekularne razine do razine riječnih bazena, s obzirom na postupak procjene kvalitete sedimenata i integriranje tog postupka u upravljačke sustave, uz predlaganje načina kako se usprkos nedostatku podataka ili njihovoj upitnosti mogu primijeniti metodologije procjene rizika na razini riječnih bazen
