The fish communities of 371 sites from 4 natural regions of the Seine River basin were studied. The sites were located from small to medium size rivers (catchment area : 5 to 3895 km2). We examined the differences between local communities according to river size (estimated by catchment area) and region. In the Seine River basin, fish communities follow a general organisation rule : total species richness increases with river size and importance of limnophilic species versus rheophilic ones increases from upstream to downstream. However, fish communities show differences of total species richness, species richness of reproductive groups and species composition between the four natural regions of the basin. Particularly, river size and regional organisation of environmental factors interact on species composition of communities and several regional patterns of longitudinal changes of fish communities are identified. The origin and range of regional differences of fish communities are discussed according to historical and environmental factors. / Les peuplements de poissons de 371 stations appartenant à 4 écorégions du Bassin de la Seine sont étudiés. Les stations sont localisées sur des cours d'eau de petite à moyenne taille (surface de bassin versant : 5 à 3695 km2). Les différences locales entre les peuplements sont analysées par rapport à la taille des cours d'eau (estimée par la surface de bassin versant) et à l'écorégion. Dans le bassin de la Seine, les peuplements de poissons ont un schéma d'organisation commun : la richesse spécifique augmente avec la taille des cours d'eau et l'importance des espèces limnophiles par rapport aux espèces rhéophiles augmente d'amont en aval. Néanmoins, les peuplements de poissons présentent des différences de richesse spécifique totale, de richesse spécifique des groupes de reproduction et de composition spécifique entre les 4 écorégions du bassin. En particulier, la taille du cours d'eau et l'organisation régionale des paramètres du milieu interagissent sur la composition spécifique des peuplements et plusieurs schémas régionaux d'évolution longitudinale des peuplements de poissons sont identifiés. L'origine et l'importance de ces différences régionales sont discutées en tenant compte d'éléments historiques et des paramètres du milieu