Dados administrativos mostram altas coberturas vacinais no Brasil, porém não há avaliação da validade e oportunidade de aplicação das doses, nem se o esquema vacinal está completo. Este estudo avaliou as coberturas oportunas e atualizadas de crianças de 12 a 24 meses de idade. Estudo longitudinal de base populacional em Araraquara, São Paulo, uma cidade de médio porte predominantemente urbana, utilizando dados do Sistema Juarez, um registro informatizado de imunização (RII). As coberturas foram avaliadas para 49.741 crianças nascidas entre 1998 e 2013, período com cinco calendários de vacinação diferentes. As tendências foram estimadas pelo método de regressão linear Prais-Winsten. A cobertura atualizada do esquema completo variou entre 79,5% e 91,3%, aos 12 meses, e entre 75,8% e 86,9%, aos 24 meses. A cobertura oportuna (todas as doses aplicadas na idade recomendada, sem atraso) variou entre 53,3% e 74%, aos 12 meses, e entre 36,7% e 53,8%, aos 24 meses. Houve tendência crescente para a cobertura atualizada aos 24 meses. Os atrasos em relação à idade recomendada se acentuam em doses a partir dos seis meses e parecem estar mais relacionados à idade do que ao número de doses do esquema. A proporção de doses inválidas e atrasadas foi menor do que em outros estudos. Apesar do aumento do número de doses no calendário vacinal, foram alcançadas altas coberturas atualizadas e coberturas oportunas maiores do que as encontradas na literatura nacional e internacional, porém são necessários mais esforços para o aumento da oportunidade. O RII mostrou-se relevante para avaliação e monitoramento de coberturas vacinais, com análises mais acuradas