Viral etiology of influenza-like illness in adults and children and diarrheal syndrome in children in Gabon.

Abstract

Les syndromes grippaux sont à l'origine des pathologies bénignes ou graves pouvant entrainer plusieurs millions de décès chaque année dans le monde. Ils s'expriment de façon épidémique, annuellement, et peuvent prendre un aspect pandémique. L'émergence d'une nouvelle souche de virus influenza A (pH1N1) en 2009 a suscité l'accroissement de la surveillance des virus grippaux. Par ailleurs, les syndromes diarrhéiques d'origine virale, représentent un problème majeur de santé publique chez les enfants de moins de 5 ans. Peu de données existent sur la circulation des virus grippaux et diarrhéiques au Gabon. Dans ce contexte, nous avons mis en place un réseau de surveillance des virus grippaux et diarrhéiques au Gabon. L'objectif de cette étude était de caractériser les virus responsables des syndromes grippaux et diarrhéiques dans quatre principales villes du Gabon. S'agissant des grippes, 1066 écouvillons nasaux ont été récoltés sur la période allant de Juillet 2009 à Juin 2011. Trois cent dix sept (317) selles ont été récoltées chez les enfants de moins de 5 ans dans la période allant de Mars 2010 à Juin 2011. Les étiologies virales ont été analysées par PCR en temps réel avec des amorces spécifiques des virus responsables des syndromes grippaux : les virus influenza A et B saisonnier, le virus influenza A pandémique (pH1N1), les parainfluenzavirus de type 1 à 4 (PIV1-4), le virus respiratoire syncytial (VRS), le métapneumovirus humain (hMPV), les coronavirus NL63 (HCoV-NL63), HKU1(HCoV-HKU1), OC43 (HCoV-OC43), 229E (HCoV-229E), les adénovirus (AdVs), les rhinovirus (HRVs), les parechovirus (HPeVs), les entérovirus (EVs). Les virus diarrhéiques recherchés ont été : les adénovirus, les norovirus de type 1 et 2 (NoV-I, NoV- II), les sapovirus (SaVs), les astrovirus (HAstVs) et les Rotavirus A (RVA). Les diversités génétiques ont été analysées par analyses phylogénétiques suivant les séquençages des fragments amplifiés. Parmi les écouvillons analysés, 61% (n=654) étaient positifs pour au moins un des virus recherchés : AdV (16%), PIVs (15%), virus influenza (13%), EV (12%), VRS (12%), HRV (8%), HCoVs (6,5%), hMPV (2%) et HPeV (0,5%). Les enfants de moins de cinq ans représentaient la population la plus susceptible (78%). Les co-infections virales ont été retrouvées dans près d'un tiers (1/3) des cas de syndromes grippaux : 25% (2 virus), 6% (3 virus) et 1 cas de co-infections par 4 virus. Elles concernent principalement les AdVs (41%) et EVs (43%). La saisonnalité des syndromes grippaux a été également mise en évidence : 70% surviennent pendant les saisons de pluies. La prévalence des étiologies virales des diarrhées chez les enfants de moins de 5 ans était de 60,9% (n=193). Les virus responsables de celles-ci étaient : RVA (21,7%), AdV (19,6%), NoV-I (9,1%), NoV-II (13,9%), SaV (9,5%) et HastV (6,3%). Parmi les AdV, le sérotype majoritaire était AdV-41 (espèce F) alors que le génotype majoritaire des astrovirus était HAstV-1. Nous avons obtenu un génotypage en G/P total ou partiel pour 59 patients. Les souches identifiées étaient : G1P[8] (8,5%), G2P[4] (3,4%), G3P[6] (1,7%), G6P[6] (40,7%), G12P[8] (3,4%), G1 (1,7%), G2 (3,4%), G3 (3,4%), G6 (13,5%), G12 (6,7%), P[6] (8,5%), P[8] (5,1%). Ce travail a permis la mise en place d'un réseau de surveillance des virus responsables des syndromes grippaux afin de mieux faire face aux épidémies et pandémies au Gabon. L'étude des syndromes diarrhéiques a permis d'identifier les souches circulant au Gabon, notamment celles de rotavirus ayant un impact en santé publique. Ces résultats permettent d'envisager une meilleure adaptation de la prise en charge thérapeutique et une réflexion en ce qui concerne la mise en place d'une stratégie vaccinale contre les rotavirus et les virus grippaux.Influenza-like illness (ILI) is causing mild to severe illnesses that can cause million of deaths each year worldwide. They cause epidemics annually or pandemics. The emergence of a new strain of influenza A virus (pH1N1) in 2009 sparked increased surveillance of influenza viruses. In addition, diarrheal syndromes represent a major public health problem among children under 5 years old. Few data exist on the circulation of influenza and diarrhea viruses in Gabon. In this context, a network surveillance of ILI and diarrhea virus was established in Gabon. The objective of this study was to characterize the viruses responsible of influenza-like illness and diarrhea in four major cities of Gabon.1066 nasal swabs were collected from July 2009 to June 2011. Three hundred and seventeen (317) stools were collected from children under 5 years old from March 2010 to June 2011. Viral etiologies were analyzed by real-time PCR with primers specifics of viruses responsible of ILI: seasonal influenza A and B, pandemic influenza, parainfluenza viruses type 1-4 (PIV1-4), respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), coronaviruses NL63 (HCoV-NL63), HKU1 (HCoV-HKU1), OC43 (HCoV-OC43), 229E (HCoV-229E), adenoviruses (AdVs), rhinoviruses (HRVs), parechovirus (HPeVs), enteroviruses (EVs). The enteric viruses were: adenoviruses, noroviruses type 1, 2 (NoV-I, NoV- II), sapoviruses (SaVs), astroviruses (HAstVs) and rotaviruses A (RVA). Genetic diversity was analyzed by phylogenetic analysis following the sequencing of the amplified fragments.Among the swabs analyzed, 61% (n = 654) were positive for at least one virus: AdV (16%), PIVs (15%), virus influenza (13%), EV (12%), RSV (12%), HRV (8%), HCoVs (6.5%), hMPV (2%) and HPeV (0,5%). Children under five years old were the most susceptible population (78%). Viral co-infections were found in nearly one-third (1/3) cases of influenza-like illness: 25% (2 viruses), 6% (3 viruses) and 1 case of co-infection with four viruses. They mainly concerned AdV (41%) and EVs (43%). The seasonality of influenza-like illness has also been showed: 70% occured during the rainy seasons. The prevalence of viral etiologies of diarrhea in children under 5 years old was 60.9% (n = 193). The virus responsible of these were: RVA (21.7%), AdV (19.6%), NoV-I (9.1%), NoV-II (13.9%), SaV (9.5 %) and HastV (6.3%). Among the AdV, the majority serotype was AdV-41 (species F), while the majority of astrovirus genotype was HAstV-1. We got a total or partial genotyping G/P for 59 patients. The strains were identified: G1P[8] (8.5%), G2P[4] (3.4%), G3P[6] (1.7%), G6P[6] (40.7%), G12P[8] (3.4%), G1 (1.7%), G2 (3.4%), G3 (3.4%), G6 (13.5%), G12 (6.7%), P[6] (8.5%), P[8] (5.1%). This work allowed the establishment of a surveillance network of viruses responsible of ILI and diarrhea in order to deal with epidemics and pandemics in Gabon. The study of diarrheal syndromes identified strains circulating in Gabon, including rotavirus affecting public health. These results allow us to consider a better adaptation of therapeutic and reflection regarding the implementation of a vaccination strategy against rotavirus and influenza viruses