El objetivo del presente estudio fue evaluar la emisión de CO2 y CH4 en un uso agrícola y forestal en función dela variación de las propiedades físicas, químicas y microbiológicas, dentro de un periodo de muestreo de seis meses, llevada a cabo en la granja experimental Botana de la Universidad de Nariño en la vereda Catambuco, región en la cual es común la perdida de cobertura boscosa por deforestación a favor de actividades agrícolas sin tener en cuenta la vocación natural del suelo. Se desarrolló un análisis de las propiedades físicas y químicas consideradas más relevantes: textura, densidad aparente y real, porosidad, humedad gravimétrica, retención hídrica, pH, materia orgánica (MO), carbono orgánico (CO), capacidad de intercambio catiónico (CIC), la identificación taxonómica de las especies bacterianas presentes y la cuantificación de CO2 Y CH4 mediante cámaras fijas y análisis cromatográfico; donde se aplicó una comparación de medias independientes y por medio de una prueba T-student se determinó que los datos muestran una diferencia significativa entre las variables de un uso y otro, demostrando cómo la alteración de las características naturales del suelo lleva a la determinación dela función del suelo como sumidero o emisor de gases de efecto invernadero, permitiendo afirmar, que el suelo agrícola emite en promedio mayor cantidad de GEI (0,135 Kg.ha.día CH4,42Kg.ha.día de CO2) en comparación a uso forestal (0,08Kg.ha.día CH4,18,5Kg.ha.día de CO2) el cual funciona como sumidero de este tipo de gases por las propiedades naturales intactas con las que cuenta