Laktik asit bakterileri antimikrobiyal etkiye sahip bakteriyosin gibi bazı maddeler üretirler. Bunlar, hem gıda üretiminde hem de sağlık sektöründe patojen mikroorganizmalara karşı inhibitör olarak kullanılma potansiyeline sahiptirler. Bu çalışmada, Afyonkarahisar İli'nde satışa sunulan markasız, paketsiz 20 farklı süt ve süt ürününden (peynir, kefir, yoğurt) 34 adet laktik asit bakterisi izole edilmiştir. İzolatların moleküler identifikasyonları için 16S rDNA PZR analizi yapılmıştır. İzolatların 16S rDNA sekans analiz sonuçlarına göre, % 41,1’i Lactobacillus, % 26,4'sı Lactococcus, % 32,3'ü Enterococcus cinsine dahil bulunmuştur. En fazla laktik asit bakterisi peynir örneklerinden izole edilerek identifikasyonları tamamlanmıştır. 16S rDNA sekans analizi sonuçlarına göre peynir örneklerinden izole edilen laktik asit bakterileri Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus rhamnosus, Lactococcus lactis, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. Süt örneklerinden elde edilen laktik asit bakterileri Lactobacillus fermentum, Lactococcus lactis, Enterococcus faecium türleri olarak tanımlanmıştır. Kefir örneklerinden elde edilen laktik asit bakterileri Lactobacillus fermentum, Enterococcus faecium, Enterococcus durans türleri olarak tanımlanmıştır. Yoğurt örneklerinden ise Lactococcus lactis ve Lactococcus garvieae, Enterococcus durans, Lactobacillus fermentum türleri olarak tanımlanmıştır. İzolatların antimikrobiyal aktivitesini belirlemek için agar spot ve agar kuyu difüzyon testi kullanılmıştır. İzolatların tümü test edilen patojen mikroorganizmalar üzerinde farklı seviyelerde antimikrobiyal etki göstermiştir. LAB izolatları Listeria monocytogenes ATCC 1911, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Klebsiella pneumoniea NRRLB 4420, Pseudomonas aeuroginosa ATCC 11778, Streptococcus feacalis üzerinde Escherichia coli ATCC 35218 ve Bacillus subtilis NRS-744 göre daha yüksek seviyede antimikrobiyal etki göstermiştir. LAB izolatları en yüksek antimikrobiyal etkiyi ise Listeria monocytogenes ATCC 1911 üzerinde göstermiştir.Bu Çalışma Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından 17.SAĞ.BİL.06 Proje Numarasi İle Desteklenmiştir.İÇİNDEKİLER
ÖNSÖZ ii
SİMGELER VE KISALTMALAR iii
ŞEKİLLER iv
TABLOLAR v
1. GİRİŞ 1
1.1. Laktik Asit Bakterileri 2
1.2. Bakteriyosinler, Genel Özellikleri ve Sınıflandırılması 5
Lactococcus lactis sub sp. cremoris 6
2. GEREÇ VE YÖNTEM 9
2.1. Gereç 9
• 2.1.1 Çalışmada Kullanılan Örnekler 9
• 2.1.2 Çalışmada Kullanılan Besiyerler 9
• 2.1.3 Çalışmada Kullanılan Çözeltiler, Ayıraçlar ve Boyalar 11
• 2.1.4. Çalışmada Kullanılan DNA İzolasyon ve PZR Kitleri 11
• 2.1.5. Çalışmada Kullanılan Alet ve Cihazlar 12
2.2. Yöntem 12
• 2.2.1 Çalışmada Kullanılan Örneklerin Hazırlanması 12
• 2.2.2 Laktik Asit Bakterilerinin İzolasyonu ve Saflaştırılması 12
• 2.2.3 İzolatların Morfolojik ve Biyokimyasal Özelliklerinin Belirlenmesi 13
• 2.2.4. Laktik Asit Bakterilerinden Genomik DNA İzolasyonu 14
• 2.2.5. Laktik Asit Bakterilerinin 16S rDNA PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) Yöntemi ile Tanımlanması 16
• 2.2.6. Agaroz Jel Elektroforezi 17
• 2.2.7 Nükleotid Sekans Analizi ve Verilerin Değerlendirilmesi 17
• 2.2.8. Laktik Asit Bakterilerinin Antibakteriyel Etki Spektrumlarının Belirlenmesi 18
• 2.2.9. İstatistiksel Analiz 19
4. TARTIŞMA 32
5. SONUÇ 36
ÖZET 37
EKLER 4
