Arora Sanjeevani

Власенкова Рамиля Ахметовна

Серебрийский Илья Генрихович

Kazan Federal University Digital Repository

 V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ Казань                                               29 октября – 2 ноября 2018   259 УДК 575.224.22 ИДЕНТИФИКАЦИЯ РЕДКИХ АЛЛЕЛЕЙ, ОПРЕДЕЛЯЮЩИХ  ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТЬ К РАКУ ПОЧЕК Р.А. Власенкова, И.Г. Серебрийский, S. Arora Казанский (Приволжский) федеральный университет, Казань, Россия Определение аллелей, определяющих предрасположенность к спорадическому раку почек, яв-ляется важной задачей. Причиной образование рака в подобных случаях может быть сочетание факто-ров риска с неизвестными нам на данный момент генетическими изменениями. Для определения функ-циональной важности подобных генетических изменений уже разработан обширный программный ин-струментарий. В связи с этим целью работы являлась выработка четкого технологического процесса идентификации редких вредоносных аллелей, предположительно определяющих предрасположенность к раку почек, и их описания с помощью биоинформатических инструментов. В ходе работы мы составили предварительный список генов-кандидатов, функционально связанных с раком почек, на основе инте-грации данных литературного поиска и поиска по базам данных, доступным онлайн (Ingenuity, HGMD Professional, cBioPortal, driverDB, COSMIC, ICGC, DisGeNet, OMIM, GeneCards),. После дальнейшего отбора и приоритизации с помощью построения сетей взаимодействия (программное обеспечение Cytoscape) общий список генов-кандидатов составил 479 генов. На основе анализа последовательности экзома 6 пациентов с помощью биоинформатических инструментов предсказания функциональной значимости мутаций in silico (PolyPhen-2, SIFT, PROVEAN, MutationAssessor, SIFT-Indel, PROVEAN, MutationTaster) выяв-лены 18 редких вредоносных аллелей, предположительно определяющих предрасположенность к раку почек. В их число входит 10 миссенс-мутаций, 3 мутации сдвига рамки и 5 делеций. В ходе работы выра-ботан четкий технологический процесс первичного анализа и идентификации редких вредоносных алле-лей, включающий в себя определение списка генов-кандидатов, экзомное секвенирование и анализ с помощью биоинформатических инструментов предсказания функциональной значимости мутаций in silico. Эта технология первичного анализа будет использоваться в дальнейшем исследовании рака почек. Ключевые слова: транскриптомика, рак почек, однонуклеотидные полиморфизмы. Литература 1. Adzhubei, I. a et al. A method and server for predicting damaging missense mutations. Nat. Methods 7, 248–249 (2010).  2. Bamford, S. et al. The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) database and website. Br. J. Cancer 91, 355–8 (2004).  3. Cheng, W. C. et al. DriverDB: An exome sequencing database for cancer driver gene identification. Nucleic Acids Res. 42, (2014). 4.  Choi, Y., Sims, G. E., Murphy, S., Miller, J. R. & Chan, A. P. Predicting the Functional Effect of Amino Acid Substitu-tions and Indels. PLoS One 7, (2012).  5. Gao, J. et al. Integrating and annotating the interactome using the MiMI plugin for cytoscape. Bioinformatics 25, 137–138 (2009). 

Идентификации редких аллелей, определяющих предрасположенность к раку почек

http://dspace.kpfu.ru/xmlui/bitstream/net/150110/-1/F_postgenom2018_259.pdf

Идентификации редких аллелей, определяющих предрасположенность к раку почек

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Kazan Federal University Digital Repository