BOREY, Marion

BUREL, Christine

Carbon, Anne

Lauga, Béatrice

French

Archive Ouverte en Sciences de l'Information et de la Communication

HAL Id: hal-02052967
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Submitted on 3 Jun 2020
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Microbiote intestinal de la truite arc-en-ciel :
déterminisme génétique et alimentaire
Marion Borey, Christine Burel, Anne Carbon, Béatrice Lauga
To cite this version:
Marion Borey, Christine Burel, Anne Carbon, Béatrice Lauga. Microbiote intestinal de la truite arc-
en-ciel : déterminisme génétique et alimentaire. 7ème colloque de l’AFEM (Association Française
d’Ecologie Microbienne), Nov 2015, Anglet, France. 143 p., 2015, Livre de résumés. ￿hal-02052967￿
Microbiote intestinal de la truite arc-en-ciel :
déterminismes génétique et alimentaire
Marion Borey ∗ 1, Christine Burel† 2, Anne Carbon‡ 3, Beatrice Lauga§ 3
1 Equipe Environnement et Microbiologie (IPREM - EEM) – Université de Pau et des Pays de l’Adour -
UPPA (FRANCE) – Pau, France
2 INRA Nutrition Métabolisme Aquaculture (Numéa) – Institut national de la recherche agronomique
(INRA) – Saint Pee sur Nivelle, France
3 Equipe Environnement et Microbiologie (IPREM - EEM) – Université de Pau et des Pays de l’Adour
[UPPA] – Pau, France
La croissance de l’aquaculture mondiale et la nécessaire préservation des ressources naturelles
marine impose de faire évoluer la composition des aliments pour les poissons carnivores d’élevage
vers des formules enrichies en végétaux. Cette substitution est cependant limitée par les capacités
d’adaptation physiologiques des poissons carnivores à de tels régimes. De nouvelles stratégies de
sélection de poissons d’élevage s’imposent donc. Chez les mammifères comme chez les poissons,
le microbiote intestinal est garant d’un développement harmonieux car il assure une bonne matu-
ration intestinale. Tout facteur susceptible de modifier sa composition est un frein à la croissance
de l’individu. Chez la truite arc-en-ciel l’alimentation alternative est connue pour modifier le
microbiote (enrichissement en Protéobacteries et appauvrissement en Firmicutes). Afin de mieux
comprendre les relations entre capacités physiologiques, croissance de l’hôte, microbiote intesti-
nal et régime alimentaire chez cette espèce nous avons choisi de considérer l’effet de deux régimes
alimentaires (végétal ou marin) sur le microbiote intestinal de trois lignées isogéniques identifiées
comme divergentes dans leur réponse à l’alimentation végétale. L’utilisation de lignées min-
imise les variations inter-individus, source de facteurs confondants dans les analyses et permet
d’évaluer l’importance du background génétique. In fine, un déterminisme génétique de l’hôte
sur la nature du microbiote se traduirait, pour chaque régime donné, par une faible variation
intra-lignée, et par une forte variation inter-lignée. L’étude concerne le microbiote autochtone
de l’intestin postérieur de truites juvéniles, élevées depuis leur premier repas avec l’un des deux
régimes. La composition des communautés bactériennes a été établie par séquençage (Miseq)
ciblant l’ADNr 16S.
Mots-Clés: truite, lignées isogénique, alimentation, microbiote
∗Intervenant
†Auteur correspondant: cburel@st-pee.inra.fr
‡Auteur correspondant: anne.carbon@univ-pau.fr
§Auteur correspondant: Beatrice.Lauga@univ-pau.fr
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Microbiote intestinal de la truite arc-en-ciel : déterminisme génétique et alimentaire

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