Diagnostic moléculaire par cartographie par homozygotie des ataxies autosomiques récessives et recherche du gène impliqué dans une nouvelle forme d'ataxie récessive non progressive
Le diagnostic des pathologies héréditaires rares devient de plus en plus difficile à cause de leur origine multigénique. Cette multigénicité est très bien illustrée par les ataxies autosomiques récessives. A ce jour 14 gènes responsables d'ataxies autosomiques récessives ainsi que plusieurs loci ont été identifiés. Cependant plusieurs gènes restent à découvrir. J ai dans ce travail adopté une stratégie de clonage positionnel, et plus précisément de cartographie par homozygotie utilisant les puces de génotypage SNP à la recherche de nouveaux gènes impliqués dans les ataxies récessives. J ai dans un premier temps procédé à la validation de la stratégie de cartographie par homozygotie en utilisant les puces SNP Affymetrix pour identifier les patients consanguins porteurs de mutation dans l'un des gènes d'ataxie récemment identifié. Pour cela, j ai analysé 97 familles consanguines. J ai choisi de m intéresser aux 4 gènes codant pour l'aprataxine (AOA1), la senataxine (AOA2), la sacsine (ARSACS) et la protéine ATM (AT), pour lesquels le séquençage exhaustif était disponible. Parmi les 97 familles analysées par puce, 11 familles présentaient des régions homozygotes partagées par les atteints d'une même famille et chevauchantes avec un des 4 gènes étudiés. Notre stratégie s'est révélée efficace, en effet une mutation a été retrouvée par séquençage du gène inclu dans la région homozygote partagée par les atteints d'une même famille dans 10 familles parmi les 11. Dans un deuxième temps, cette stratégie m a permis d'identifier un nouveau gène impliqué dans une nouvelle forme d'ataxie autosomique récessive non progressive. En effet, parmi les familles consanguines chez lesquelles aucun diagnostic moléculaire n a été porté, j ai identifié plusieurs familles algériennes dont les atteints sont homozygotes dans une région péricentromérique du chromosome 20. L'analyse détaillée des haplotypes avec des puces SNP à très haute densité m a permis d'identifier un petit haplotype fondateur partagé par 4 familles originaires de la région de Sétif dans le nord-est algérien. Ces 4 familles nous ont permis de définir une nouvelle forme d'ataxie qui s'est avérée correspondre à l'entité PHARC (pour Polyneuropathy, Hearing loss, Ataxia, Retinitis pigmentosa and Cataract) publiée en janvier 2009. Nous avons par la suite identifié une grande famille des Emirats Arabes Unis liée au même interval. Le séquençage des gènes de la région critique à révélé deux mutations tronquantes dans le gène ABHD12 qui code pour une a/b hydrolase. ABHD12 est impliqué dans l'hydrolyse de l'acide 2-arachidonique-glycérol, un endocannabinoïde du SNC. L'identification de 2 mutations dans ABHD12 ouvre la voie vers la compréhension du mécanisme physiopathologique dans le PHARC.Pas de résum
