TFG que contiene tres borradores de artículos pendientes de publicación: 1- Molecular characterization of an avian GA13-like Infectious bronchitis virus full-length genome from Costa Rica. 2- Caracterización molecular del gen S1 en aislamientos tipo GI-17 y GI-13 del virus de la bronquitis infecciosa (IBV) en Costa Rica, entre los años 2016 y 2019. 3- Reporte de Caso: Descripción de un brote de bronquitis infecciosa aviar (IBV) en el año 2016 en Costa Rica, asociado a la variante GA13La bronquitis infecciosa (IB) es una enfermedad muy contagiosa del tracto respiratorio de las aves. Puede afectar también el tejido entérico y reproductivo, por lo que ha acarreado problemas económicos, al disminuir el crecimiento de las aves y afectar la producción de huevos. El agente etiológico es el virus de la bronquitis infecciosa aviar (IBV, también conocido como Avian coronavirus o AvCoV). En esta investigación se analizaron en total 146 muestras, de las cuales 98 fueron diagnosticadas con IBV y se realizaron 15 aislamientos de virus obtenidos de explotaciones avícolas de Costa Rica durante los años 2016 al 2019. Se tipificaron estos aislamientos por medio de la secuenciación de la región S1 de la glicoproteína espicular, por el método de Sanger. El análisis filogenético de los aislamientos mostró que durante los años 2016 y 2017, doce de los aislamientos agruparon con el linaje GI-17 y mostraron más relación con la variante GA13/14255/14 (Tipo GA13 o “GA13-like”) con un porcentaje de identidad de 96,90-100 % a nivel de nucleótidos y 92.25-100 % de identidad a nivel de aminoácidos. Las principales diferencias se encontraron en las regiones RBD y HVR-3, ocasionando cambios en sitios de N-glicosilación de la región S1. Además, se secuenció el genoma completo del aislamiento CK/CR/1160/16, lo cual constituye la primera descripción del genoma completo de un aislamiento tipo GA13. La longitud del genoma es de 27 696 pb con la siguiente organización genómica: 5’-UTR-Pol-S-3a-3b-E-4b-4c-M-5a-5b-N-6b-3’-UTR. El genoma completo tiene 94.03% de identidad de secuencia de nucleótidos con el aislamiento DMV/1639/GA9977/2019 de Georgia, EUA, y 96.86% a nivel de la región S1 con el aislamiento Ga-13/14255/14. También se detectaron posibles eventos de recombinación en los genes S, E, M, 4b y 4c, donde se identificaron las variantes Massachusetts, Connecticut, Arkansas and Ma5 como los posibles tipos parentales. En el caso de los aislamientos 2018-2019, el análisis de las secuencias obtenidas por secuenciación de Sanger pertenecen al linaje GI-13. Dentro de este linaje se obtuvo un porcentaje de identidad mayor al 98% (a nivel de nucleótidos y aminoácidos) con la variante vacunal 4/91, siendo el aislamiento CK/CR/0632/19 el que presentó menor identidad con la variante vacunal al presentar variación en un sitio de N-glicosilación.
La distribución de la infección en los 4 años del estudio, se generalizo en Alajuela, provincia donde se concentra la mayor parte de la producción avícola del país, con una distribución ampliada a las provincias de San José, Heredia, Puntarenas y Guanacaste en los años siguientes: 2017, 2018 y 2019 (incluyendo el reporte de un caso positivo en un ave silvestre, el colibrí ermitaño verde (Phaethornis guy) en la zona de Monte Verde. Durante el 2016 se presentó un 76% de casos positivos y luego hubo una disminución gradual hasta 42% de casos positivos en el 2019. Se observó una mayor afectación en granjas de producción de carne con 85% de casos positivos. Durante todo el periodo de estudio los síntomas respiratorios fueron los predominantes, mientras que la sintomatología digestiva, la disminución en la calidad de los huevos y mortalidad alta, no se reportaron con regularidad. Además, un 22% de los casos positivos presentó infecciones secundarias. Esta información es de suma importancia para el diseño de las estrategias a seguir, para mitigar el impacto del IBV en las granjas y escoger mejores esquemas de vacunación que permitan evaluar el impacto real de la introducción de nuevas vacunas al país.Fundación para el Fomento y Promoción de la Investigación y Transferencia de Tecnología Agropecuaria”//FITACORI/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Ciencias Básicas::Maestría Académica en Biología con énfasis en Genética y Biología MolecularUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Agroalimentarias::Centro de Investigación en Nutrición Animal (CINA
