Bacillus subtilis wordt gebruikt in de productie van veel enzymen die nuttig zijn in de was en levensmiddelenindustrie en voor de ontwikkeling van farmaceutische producten. Ondanks eerdere verbeteringen van B. subtilis als een productiestam, door veranderingen van factoren die de verschillende stadia van de productie of secretie van enzymen beperken, kan eiwitproductie nog steeds moeilijk zijn. In dit proefschrift zijn stressreacties geïdentificeerd, die geactiveerd worden door de intensieve productie van homo- en heterologe eiwitten. Een specifieke reactie op membraan stress is gekarakteriseerd, inclusief de inductie van een mogelijk membraan-geassocieerd protease, en een nieuwe repressor van deze reactie is geïdentificeerd. Ook de onmisbaarheid van PrsA, een foldase die verantwoordelijk is voor een correcte vouwing van uitgescheiden eiwitten, is onderzocht. Dat PrsA essentieel is werd aangetoond omdat het indirect betrokken is bij laterale celwand biosynthese. B. subtilis is in staat om efficiënter gebruik te maken van voedinsstoffen door de expressie van genen te reguleren via CcpA gebonden aan cre boxen. Deze regulatie is relevant voor de industrie om de kweek van cellen in grote fermentaties te optimaliseren. cre boxen zijn geanalyseerd op een genoom-brede schaal. Verschillen in cre sequenties en posities ten opzichte van de transcriptie-startsites bleken de regulerende efficiëntie te bepalen. Dit proefschrift levert kennis over de moleculaire reacties van B. subtilis op de overproductie van membraaneiwitten en uitgescheiden eiwitten, die gebruikt kan worden voor verdere verbetering van B. subtilis als eiwitproductie-host. Bovendien biedt het gedetailleerd inzicht in de rol van de cre boxen bij de genexpressieregulering door de CcpA
