Het enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert een belangrijke reaktie in de metabolische weg voor de afbraak van aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route). […] Het enzym bevat flavine adenine dinucleotide (FAD). De flavine wordt tijdens de reaktie gereduceerd door NADPH, waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. Eén van de zuurstofatomen wordt overgedragen aan het substraat, terwijl het andere wordt afgesplitst in de vorm van water. ...

Zie: Samenvatting

Hofsteenge, Jan,

Het enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert een belangrijke reaktie in de metabolische weg voor de afbraak van aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route). […] Het enzym bevat flavine adenine dinucleotide (FAD). De flavine wordt tijdens de reaktie gereduceerd door NADPH, waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. Eén van de zuurstofatomen wordt overgedragen aan het substraat, terwijl het andere wordt afgesplitst in de vorm van water. ... Zie: Samenvattin

Hofsteenge, Jan

ARTS repository - University of Groningen

   University of GroningenP-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure.Hofsteenge, JanIMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite fromit. Please check the document version below.Document VersionPublisher's PDF, also known as Version of recordPublication date:1981Link to publication in University of Groningen/UMCG research databaseCitation for published version (APA):Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure. s.n.CopyrightOther than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of theauthor(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).The publication may also be distributed here under the terms of Article 25fa of the Dutch Copyright Act, indicated by the “Taverne” license.More information can be found on the University of Groningen website: https://www.rug.nl/library/open-access/self-archiving-pure/taverne-amendment.Take-down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediatelyand investigate your claim.Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons thenumber of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.Download date: 30-10-2023t 1 7SAMENVATTINGHet enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert eenbelangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraakvan aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :t)-no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrOHet  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  Def lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n vande zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .De opheldering van de prlmalre struktuur van ditenzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met tweeandere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym metbehu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  eenef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa tcomplex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  enW.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgordeeen vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng vande primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatieuit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te enzeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepenonderzoekers .Atninozuutoolgorde.De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromidegespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van hetN-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerdin  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ievan he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBrpeptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden vanvo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease metbeperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB enthermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept idenen bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregenpeptiden door middel van automatj-sche en manuele Edmandegradat ie .De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten konworden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple teamj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temmingmet  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  anderemethoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBrpept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta tenvan zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyseaanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  deor i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  deaminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .De binding oa1 FAD en Substraat.Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan eenzogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  wordenvoorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-benzoaat hydroxyJ-ase.De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FADtl+IiI I 9wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door hetdipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en deisoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  eenhydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in hete iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Eenarg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep vanhet  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jnbi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond vanmodi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  inhet  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  inhet  ac t ieve  cent rum qevonden.Interakties tussen de monomeren.Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta lvoor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t iekesubeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobein te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  doortwee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.

English

P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and its integration with the crystal structure.

   University of GroningenP-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure.Hofsteenge, JanIMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite fromit. Please check the document version below.Document VersionPublisher's PDF, also known as Version of recordPublication date:1981Link to publication in University of Groningen/UMCG research databaseCitation for published version (APA):Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure. s.n.CopyrightOther than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of theauthor(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).The publication may also be distributed here under the terms of Article 25fa of the Dutch Copyright Act, indicated by the “Taverne” license.More information can be found on the University of Groningen website: https://www.rug.nl/library/open-access/self-archiving-pure/taverne-amendment.Take-down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediatelyand investigate your claim.Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons thenumber of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.Download date: 07-06-2022t 1 7SAMENVATTINGHet enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert eenbelangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraakvan aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :t)-no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrOHet  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  Def lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n vande zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .De opheldering van de prlmalre struktuur van ditenzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met tweeandere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym metbehu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  eenef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa tcomplex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  enW.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgordeeen vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng vande primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatieuit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te enzeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepenonderzoekers .Atninozuutoolgorde.De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromidegespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van hetN-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerdin  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ievan he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBrpeptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden vanvo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease metbeperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB enthermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept idenen bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregenpeptiden door middel van automatj-sche en manuele Edmandegradat ie .De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten konworden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple teamj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temmingmet  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  anderemethoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBrpept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta tenvan zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyseaanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  deor i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  deaminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .De binding oa1 FAD en Substraat.Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan eenzogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  wordenvoorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-benzoaat hydroxyJ-ase.De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FADtl+IiI I 9wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door hetdipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en deisoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  eenhydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in hete iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Eenarg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep vanhet  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jnbi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond vanmodi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  inhet  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  inhet  ac t ieve  cent rum qevonden.Interakties tussen de monomeren.Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta lvoor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t iekesubeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobein te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  doortwee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.

Dutch

University of Groningen Digital Archive

NARCIS 

Proceedings - University of Groningen

   University of GroningenP-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure.Hofsteenge, JanIMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite fromit. Please check the document version below.Document VersionPublisher's PDF, also known as Version of recordPublication date:1981Link to publication in University of Groningen/UMCG research databaseCitation for published version (APA):Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure. s.n.CopyrightOther than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of theauthor(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).The publication may also be distributed here under the terms of Article 25fa of the Dutch Copyright Act, indicated by the “Taverne” license.More information can be found on the University of Groningen website: https://www.rug.nl/library/open-access/self-archiving-pure/taverne-amendment.Take-down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediatelyand investigate your claim.Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons thenumber of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.Download date: 16-07-2023t 1 7SAMENVATTINGHet enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert eenbelangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraakvan aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :t)-no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrOHet  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  Def lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n vande zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .De opheldering van de prlmalre struktuur van ditenzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met tweeandere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym metbehu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  eenef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa tcomplex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  enW.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgordeeen vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng vande primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatieuit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te enzeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepenonderzoekers .Atninozuutoolgorde.De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromidegespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van hetN-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerdin  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ievan he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBrpeptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden vanvo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease metbeperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB enthermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept idenen bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregenpeptiden door middel van automatj-sche en manuele Edmandegradat ie .De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten konworden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple teamj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temmingmet  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  anderemethoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBrpept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta tenvan zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyseaanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  deor i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  deaminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .De binding oa1 FAD en Substraat.Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan eenzogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  wordenvoorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-benzoaat hydroxyJ-ase.De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FADtl+IiI I 9wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door hetdipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en deisoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  eenhydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in hete iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Eenarg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep vanhet  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jnbi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond vanmodi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  inhet  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  inhet  ac t ieve  cent rum qevonden.Interakties tussen de monomeren.Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta lvoor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t iekesubeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobein te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  doortwee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.

University of Groningen

   University of GroningenP-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure.Hofsteenge, JanIMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite fromit. Please check the document version below.Document VersionPublisher's PDF, also known as Version of recordPublication date:1981Link to publication in University of Groningen/UMCG research databaseCitation for published version (APA):Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure. s.n.CopyrightOther than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of theauthor(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).Take-down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediatelyand investigate your claim.Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons thenumber of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.Download date: 12-11-2019t 1 7SAMENVATTINGHet enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert eenbelangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraakvan aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :t)-no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrOHet  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  Def lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n vande zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .De opheldering van de prlmalre struktuur van ditenzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met tweeandere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym metbehu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  eenef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa tcomplex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  enW.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgordeeen vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng vande primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatieuit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te enzeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepenonderzoekers .Atninozuutoolgorde.De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromidegespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van hetN-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerdin  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ievan he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBrpeptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden vanvo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease metbeperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB enthermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept idenen bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregenpeptiden door middel van automatj-sche en manuele Edmandegradat ie .De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten konworden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple teamj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temmingmet  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  anderemethoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBrpept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta tenvan zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyseaanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  deor i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  deaminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .De binding oa1 FAD en Substraat.Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan eenzogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  wordenvoorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-benzoaat hydroxyJ-ase.De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FADtl+IiI I 9wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door hetdipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en deisoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  eenhydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in hete iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Eenarg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep vanhet  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jnbi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond vanmodi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  inhet  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  inhet  ac t ieve  cent rum qevonden.Interakties tussen de monomeren.Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta lvoor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t iekesubeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobein te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  doortwee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.

Dissertations of the University of Groningen

   University of GroningenP-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure.Hofsteenge, JanIMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite fromit. Please check the document version below.Document VersionPublisher's PDF, also known as Version of recordPublication date:1981Link to publication in University of Groningen/UMCG research databaseCitation for published version (APA):Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and itsintegration with the crystal structure. s.n.CopyrightOther than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of theauthor(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).The publication may also be distributed here under the terms of Article 25fa of the Dutch Copyright Act, indicated by the “Taverne” license.More information can be found on the University of Groningen website: https://www.rug.nl/library/open-access/self-archiving-pure/taverne-amendment.Take-down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediatelyand investigate your claim.Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons thenumber of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.Download date: 11-10-2022t 1 7SAMENVATTINGHet enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert eenbelangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraakvan aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :t)-no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrOHet  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  Def lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n vande zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .De opheldering van de prlmalre struktuur van ditenzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met tweeandere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym metbehu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  eenef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa tcomplex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  enW.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgordeeen vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng vande primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatieuit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te enzeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepenonderzoekers .Atninozuutoolgorde.De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromidegespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van hetN-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerdin  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ievan he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBrpeptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden vanvo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease metbeperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB enthermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept idenen bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregenpeptiden door middel van automatj-sche en manuele Edmandegradat ie .De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten konworden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple teamj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temmingmet  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  anderemethoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBrpept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta tenvan zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyseaanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  deor i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  deaminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .De binding oa1 FAD en Substraat.Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan eenzogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  wordenvoorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-benzoaat hydroxyJ-ase.De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FADtl+IiI I 9wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door hetdipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en deisoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  eenhydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in hete iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Eenarg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep vanhet  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jnbi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond vanmodi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  inhet  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  inhet  ac t ieve  cent rum qevonden.Interakties tussen de monomeren.Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta lvoor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t iekesubeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobein te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  doortwee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.

University of Groningen Research Database

  
 University of Groningen
P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and its
integration with the crystal structure.
Hofsteenge, Jan
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from
it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date:
1981
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Hofsteenge, J. (1981). P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and its
integration with the crystal structure. s.n.
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the
author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately
and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the
number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Download date: 10-02-2018
t 1 7
SAMENVATTING
Het enzym p-hydroxybenzoaat hydroxylase katalyseert een
belangri jke reaktie in de metabolische weg voor de afbraak
van aromatische verbindingen (B-ketoadipaat route) :
t)-
no{_}coo * NADPH * ** oz- no{_rtQQ + trl[up++ HrO
Het  enzym bevat  f lav j -ne  aden j -ne  d inuc leo t ide  (FAD) .  De
f lav j -ne  word t  t i j dens  de  reak t ie  gereduceerd  door  NADPH,
waarna het een covalent complex vormt met zuurstof. E6n van
de zuurs to fa tomen word t  overgedragen aan he t  subs t raa t ,
te rw i j l  he t  andere  word t  a fgesp l i t s t  in  de  vorm van water .
De opheldering van de prlmalre struktuur van dit
enzym,  v /aarvan een gedee l te  j -n  d i t  p roe fschr i f t  i s  beschre-
ven, is ons aandeel in een samenwerkingsprojekt met twee
andere Nederlandse researchgroepen: De groep van F. Mii l ler
(Land.bouw Hogeschool Wageningen) bestudeert het enzym met
behu lp  van fys isch-chemische techn ieken en  heef t  een
ef f i c i i :n te  i so la t ieprocedure  voor  d i - t  e iw i t  on tw ikke ld .
De k r is ta ls t ruk tuur  van he t  geox ideerde enzym-subs t raa t
complex  werd  door  R.K.  Wierenga in  de  groep van J .  Drenth  en
W.G.J .  Ho1 bepaa ld  to t  een op lossend vermogen van 0 .25  nm.
Voor de vol ledige i-nterpretat ie van de elektronen-
dichtheidsverdel ing, i-s kennis van de aminozuurvolgorde
een vereiste. Aan de andere kant is bi j  de opheli ier i-ng van
de primaire struktuur, veel gebruik gemaakt van informatie
uit  de elektronendichtheid. Dit resulteerde in de nau$te en
zeer st imulerende samenwerking tussen de twee groepen
onderzoekers .
Atninozuutoolgorde.
De polypeptideketen werd met behulp van cyaanbromide
gespli tst in zeven fragmenten, varierend in lengte van I tot
167 aminozuren. De bepaling van de aminozuurvolgorde van het
N-termlna le  dee l  van  he t  e iw i t  ( res idu  I -138)  werd  u i tgevoerd
in  nauwe samenwerk ing  met  J .M.  Vere i j ken  en  H.J .  Bak ,  d ie
van he t  C- te rmina le  dee l  ( res idu  278-395)  samenmetp .A.  Jeke l .
De opheldering van de aminozuurvolgorde van het tussen-
l iggende gedee l te  i s  he t  p romot ieonderzoek  van W.J .  Wei je r .
Bi j  de bepaling van de primaire struktuur van de CNBr
peptiden werd gebruik gemaakt van klassieke methoden van
vo lgordebepa l ing :  verdere  ver te r ing  met  een pro tease met
beperk te  subs t raa tspec i f i c te i t  (voornamel i j k  t ryps ine ,
chymotrypsine, proteinase van Stqhylococcus au?eus VB en
thermolys ine) ,  f rac t ioner ing  van he t  mengse l  van  pept iden
en bepaling van de aminozuurvolgorde van de verkregen
peptiden door middel van automatj-sche en manuele Edman
degradat ie .
De onderl lnge rangschikking van de CNBr fragmenten kon
worden vastgesteld op grond van de elektronendichtheids-
verde l ing .  D i t  resu l teerde  in  de  (nu  nagenoeg)  comple te
amj-nozuurvolgorde van het eiwit.  De lengte van de poly-
pept ideketen  (395 aminozuren)  i s  in  goede overeens temming
met  he t  mo lekuu lgewich t ,  zoa ls  da t  werd  bepaa ld  met  andere
methoden (c i rca  44000) .  De aminozuurvo lgorde van de  CNBr
pept iden pas t  opmerke l i j k  goed in  de  e lek t ronend ich the ids-
verde l ing .  D i t  verhoogt  de  be t rouwbaarhe id  van de  resu l ta ten
van zowel de amj-nozuurvolgordebepaling a1s de r6ntgenanalyse
aanmerke l i j k .  Er  waren s lech ts  ger inge w i jz ig ingen j -n  de
or i -g ine le  in te rpre ta t ie  van de  e lek t ronend ich the id ,  o f  in  de
aminozuurvo lgorde noodzake l i  j k .
De binding oa1 FAD en Substraat.
Het adenosine gedeelte van de FAD i-s gebonden aan een
zogenaamde "pcrp-unit".  Voor een ander FAD bevattend enzym,
D-aminozuur  ox idase,  kon een soor tge l i j ke  s t ruk tuur  worden
voorspeld, op grond van de vergel i jking: van de aminozuur-
volgorde in het N-terminale gebied met die van p-hydroxy-
benzoaat hydroxyJ-ase.
De negatieve lad.ing van de pyrofosfaat groep van de FAD
t
l
+
Ii
I I 9
wordt gecompenseerd door twee arginine residuen en door het
dipoolmoment van een o-he1ix. De r ibitylgroep en de
isoal loxazlne r ing maken meerdere waterstofbruggren met hoofd-
en  z i j ke ten  a tomen.  De isoa l loxaz ine  r ing  is  gebonden in  een
hydrofobe ho1te, met het pyrimidine ged.eelte begraven in het
e iw i t .  In  deze ho l te  word t  ook  he t  subs t raa t  gebonden.  Een
arg in ine ,  ser ine  and ty ros ine  b inden de  carboxy lg roep van
het  subs t raa t ,  te rw i j l  twee ty ros ine  res iduen be t rokken z i jn
bi j  de binding van de hydroxylgroep. Hoewel op grond van
modi f i ca t ies tud les  een h is t id ine  j -n  de  buur t  van  de  hydroxy l -
g roep van he t  subs t raa t  werd  veronders te ld ,  werd ,  a l thans  in
het  geox ideerde enzym-subs t raa t  complex ,  geen h is t id ine  in
het  ac t ieve  cent rum qevonden.
Interakties tussen de monomeren.
Het  enzym komt  zowel  in  op1-oss ing  a ls  in  he t  k r i s ta l
voor  a ls  een d imeer ,  da t  i s  opgebouwd u i t  iden t ieke
subeenheden.  De aminozuren d ie  de  kontak ten  tussen de  mono-
meren vormen z l jn  voornamel i j k  hydro foob.  In  to taa l  z i - jn  14
aromat ische aminozuren be t rokken b i j  deze hydro fobe
in te rak t ies .  Daarnaas t  word t  he t  d imeer  ges tab i l i seerd  door
twee ionparen en  een aanta l  waters to fb ruggen.


P-hydroxybenzoate hydroxylase. Determination of the amino acid sequence and its integration with the crystal structure.

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

ARTS repository - University of Groningen

ARTS repository - University of Groningen

University of Groningen Digital Archive

NARCIS

Proceedings - University of Groningen

University of Groningen

Dissertations of the University of Groningen

Proceedings - University of Groningen

University of Groningen Research Database

Dissertations of the University of Groningen