El presente estudio acerca del embalse de San Juan (Madrid), se propone conocer y definir las características limnológicas propias, tanto del embalse como del sistema que forma él mismo con sus afluentes principales (ríos Alberche y Cofio), y el efluente en pie de presa. El conocimiento de las características limnológicas se ha realizado tomando como base los resultados de los muestreos que mensualmente se realizaron en el embalse durante el período de tiempo comprendido entre noviembre de 1972 y febrero de 1974, para la mayoría de los parámetros medidos, y entre diciembre de 1973 y febrero de 1974 para los parámetros medidos en los ríos afluentes y en el efluente en pie de presa (en el río Cofio también existen datos del mes de octubre de 1973). La discusión de los resultados obtenidos en el embalse se desarrolló haciendo referencia a aspectos tales como: características térmicas del embalse y tipo de estratificación del mismo; penetración de luz y delimitación de la zona eufótica; curvas de oxígeno disuelto y variaciones a lo largo de un ciclo anual; perfiles y evolución temporal de macronutrientes (nitrógeno, fósforo y sílice) y otros iones de interés biológico; perfiles y evolución temporal de pH, conductividad y residuo seco a 110ºC; indicadores químicos de contaminación (DBO5, DQO y detergentes aniónicos); evolución en las zonas trofogénica y trofolítica de pigmentos fotosintéticos (clorofilas >, > y >) e índice D430/D665; producción primaria en las aguas superficiales; datos sobre las comunidades planctónicas dominantes en el embalse (distribución vertical y variaciones estacionales de los grupos principales de algas de fitoplanctón); distribución vertical y variaciones estacionales de bacterias de los tipos aerobio, coliformes fecales, coliformes, enterococos y clostridium. Respecto a los ríos afluentes y el efluente en pie de presa, la discusión pone de manifiesto las modificaciones físico-químicas y biológicas que experimenta el agua de los mencionados afluentes, por el hecho de ser embalsada durante el tiempo marcado por el régimen hidráulico del embalse, quedando reflejadas dichas modificaciones en el efluente del embalse en pie de presa. También se discute, en un apartado dedicado exclusivamente al tema, el grado de eutrofización del embalse, haciéndose una valoración del mismo en función de los datos disponibles sobre nutrientes (fosfatos y nitratos), concentraciones de clorofila >, índice D430/D665 y concentraciones de oxígeno disuelto en el fondo. Las conclusiones derivadas de la discusión de los resultados sintetizan las características físico-químicas y biológicas principales del sistema: embalse-afluente-efluente, haciéndose en las mismas una llamada de atención del peligro derivado de un posible incremento paulatino del grado de eutrofización de las aguas del embalse, debido tanto a la contaminación directa del mismo (urbanizaciones, bañistas, deportes náuticos, etc.), como a la que aportan los ríos afluentes con la elevada concentración de nutrientes existentes en los mismos
