Quattro meccanismi diversi assicurano lo svolgimento delle due funzioni contrastanti del sistema immunitario mucosale (tolleranza ed esclusione degli antigeni): la barriera mucosale, la regolazione della risposta immunitaria, l\u2019eliminazione e la tolleranza degli antigeni che riescono a raggiungere la mucosa.
La penetrazione dell\u2019epitelio da parte di un antigene stimola una risposta immunitaria; questo avviene costantemente ma l\u2019organismo \ue8 in grado di differenziare tra antigeni \u201cbuoni\u201d e \u201ccattivi\u201d per evitare una continua stimolazione immunitaria. Le cellule M, specializzate nella presentazione dell\u2019antigene nelle placche di Peyer, catturano piccole quantit\ue0 di antigene e lo presentano al tessuto linfoide sottostante. La reazione immunitaria successiva pu\uf2 essere prevenuta dalla soppressione mediata dai linfociti T, che porta alla tolleranza.
La barriera mucosale non \ue8 del tutto impermeabile alle macromolecole neanche in condizioni normali. Gli immunocomplessi che si formano vengono eliminati dal sistema fagocitario mononucleato a livello di fegato e di linfonodi mesenterici.
La tolleranza orale \ue8 il fenomeno per cui una prima esposizione a un antigene penetrato per via orale induce una mancata risposta immunitaria specifica (locale e sistemica) a esposizioni sistemiche successive allo stesso antigene. La funzione soppressiva del GALT (immunit\ue0 cellulo-mediata) \ue8 alla base di questo fenomeno. Oltre alla risposta soppressiva, il sistema immunitario intestinale genera IgA, che vengono secrete sulla superficie mucosa e che contribuiscono alla tolleranza. Sebbene questo fenomeno sia essenziale alla vita, gli animali ne nascono privi e la acquisiscono in giovane et\ue0
