La caracterización genética es una materia esencial en los programas de conservación y de cría de cualquier país. En este trabajo informamos del uso de marcadores RAPD en el estudio de genética de poblaciones de tres razas de diferentes especies incluidas en los programas de conservación en Brasil. El objetivo fue analizar la similitud genética individual de aquellas poblaciones raciales para contribuir a su conservación ex situ e in situ. La selección de animales con menor similitud genética puede ayudar a conservar el máximo de variabilidad dentro de poblaciones y puede optimizar el trabajo de los criadores para los programas de conservación ex situ. Estos trabajos fueron realizados en el Laboratorio de Genética Animal (AGL) del Centro para los Recursos Genéticos y la Biotecnología (CENARGEN) de EMBRAPA. Las poblaciones nativas incluidas fueron: caballo Pantaneiro (núcleo de conservación in situ), el bovino Criollo Lageano (núcleo de conservación in situ), y la cabra Moxotó (cinco poblaciones de esta raza distribuidas en los estados del Nordeste). Usando marcadores RAPD, obtenidos para cada especie, generamos una matriz de coeficientes de similitud de Jaccard, mediante un programa NTSYS-pc v.2.0. Mediante la comparación entre pares de individuos podríamos escoger aquellos que fueron más similares entre ellos y aquellos que fueron más distantes. Usando estas matrices sugerimos tres tipos de procedimientos que podrían ser usados para apoyar la conservación de estas razas: la elección de machos para donantes de semen (animales con alta similitud genética); la indicación de apareamientos preferenciales buscando el mantenimiento de la máxima variabilidad genética y la indicación de animales a descartar -aquellos que tienen la máxima similitud- los criadores escogen uno de ellos para descartar. Este tipo de análisis podría realizarse entre dos poblaciones de la misma raza para contribuir al intercambio de individuos entre diferentes núcleos. Debemos recordar que estas recomendaciones están basadas exclusivamente en datos genéticos y debemos tener en cuenta las características fenotípicas de cada animal, no teniendo, de cualquier manera que ser consideradas separadamente