Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011Em Portugal, os estudos epidemiológicos em Streptococcus pyogenes englobam sobretudo estirpes responsáveis por infecções do aparelho respiratório superior e por infecções invasivas. No entanto, não há registo de estudos focados em estirpes de S. pyogenes recolhidas de infecções de pele e tecidos moles. Este estudo baseou-se na caracterização de 320 estirpes recolhidas em vários hospitais do país, durante o período de 2003 a 2009, a partir de amostras de pus de lesões cutâneas, como feridas e abcessos. A caracterização das estirpes foi efectuada por diferentes métodos de tipagem, nomeadamente serotipagem T, tipagem emm, determinação dos perfis de toxinas e determinação dos perfis de macro-restrição obtidos por electroforese em campo pulsado (PFGE). Em todos os métodos utilizados verificou-se uma elevada diversidade da população (índice de diversidade de Simpson ≥0.86). As estirpes do tipo emm89 (n=62) foram as mais frequentes, seguidas por estirpes do tipo emm1 (n=55). Quando consideradas em conjunto, estas estirpes correspondem a 36,6% da população total e constituem os dois principais grupos definidos por comparação dos perfis de PFGE. Assim como estes, verificou-se que a maioria dos grupos definidos por PFGE são principalmente constituídos por estirpes do mesmo tipo emm. Relativamente aos perfis de toxinas, observou-se que estirpes com o mesmo tipo emm, normalmente, apresentam um perfil igual ou semelhante. Também se determinou a resistência a alguns antimicrobianos de interesse clínico ou epidemiológico e os respectivos génotipos. No total, observou-se uma resistência aos macrólidos de 10,3%, com uma dominância de estirpes de fenótipo cMLSB em relação ao fénótipo M. A resistência à tetraciclina foi observada em 47 estirpes, das quais 12 eram também resistentes aos macrólidos. Tendo em conta os diferentes tipos emm detectados e o número de estirpes correspondentes, a implementação da vacina experimental 26-valente em todas as faixas etárias poderia prevenir 67,8% das infecções de pele e tecidos moles em Portugal.In Portugal, epidemiological studies of Streptococcus pyogenes concentrate mostly on isolates recovered from pharyngitis and invasive infections. However, there is no record of studies focused on S. pyogenes isolates recovered from skin and soft tissue infections. This work aimed to characterize 320 isolates recovered in several hospitals across the country, from skin lesions, like wounds and abscesses. The typing methods used were T typing, emm typing, exotoxin profiling and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) profiling. In all of these, a very diverse population was detected (Simpson’s index of diversity ≥ 0.86). The most prevalent emm type was emm89 (n=62) followed by emm1 (n=55). Together, isolates of these emm types accounted 36.6% of the population and composed the two major clusters defined by comparison of PFGE profiles. Like these clusters, the majority of clusters are composed mostly of isolates with the same emm type. Toxin profiling revealed that isolates with the same emm type, usually share the same or a similar toxin profile. We also determined the resistance to a panel of antibiotics of clinical and epidemiological interest, as well as the associated resistance genotypes. Erythromycin resistance was observed in 33 isolates (10%), of which 11 presented the M phenotype, while 22 were constitutively resistant to clindamycin (cMLSB phenotype). Tetracycline resistance was detected in 47 isolates (14.7%), of which 12 were also resistance to erythromycin. According to the different emm types detected, the implementation in all age groups of the experimental 26-valent M protein-based vaccine could prevent 67.8% of skin and soft tissue infections in Portugal
