基于660K芯片小麦高密度遗传连锁图谱及其应用

Abstract

高密度遗传连锁图谱对小麦基因定位克隆、分子育种及基因组学研究至关重要。多种分子标记被成功应用于小麦遗传图谱的构建,基于不同作图群体已释放40余个版本小麦遗传图谱,以高密度遗传图谱为桥梁,实现上述遗传图谱的整合将为分子育种奠定重要的遗传资源。本研究利用小麦科农9204×京411构建的重组自交系KJ-RIL群体及660K小麦基因组芯片(Affymetrix Wheat660 chip),绘制了包含119566个位点的小麦高密度遗传连锁图谱,图谱总长度4424.4cM,标记间平均距离为0.04cM/位点。经比较分析,该高密度遗传图谱与90K、820K高密度整合图谱及小麦基因组物理图谱均具有较好的共线性对应关系。结合前人已报道遗传图谱及其标记序列信息,以660K芯片高密度遗传连锁图谱为骨架,梳理AFLP、RFLP、RAPD、SSR、EST-SSR、STS、SRAP、DarT、SNP等标记遗传位置及基因组序列信息,构建了小麦高密度一致性整合图谱。结合表型数据、高密度遗传图谱极其基因型值,对控制穗粒数主效QTL-qKnps-4A、株高主效QTL-qPh-6B等多个QTL进行了精准定位,绘制了靶区段高密度遗传连锁图谱,该结果为靶基因的精细定位及图位克隆奠定基础