Cette thèse fait la synthèse des connaissances sur la génétique des résistances considérée comme l’une des alternatives les plus efficaces et les plus durables de contrôle des pathologies majeures en élevage ovin. La sélection génétique de moutons résistants est basée sur l’optimisation de mécanismes de résistance, par l'intermédiaire de caractères phénotypiques pertinents mais complexes à déterminer. Les caractères cliniques ou immunologiques présentent généralement des héritabilités autour de 0.3, et des régions chromosomiques (QTL) ont été détectées pour ces caractères. Par ailleurs, les études d’associations et l’émergence de la génomique fonctionnelle élargissent le spectre de recherche en s’intéressant aux gènes candidats, comme le CMH qui joue un rôle clé dans la réponse immunitaire. Cette discussion met en lumière l’efficacité des schémas de sélection classique, notamment pour la résistance aux nématodes ou aux mammites, tandis qu’une vue d’ensemble de la sélection assistée par gène mise en place contre la tremblante décrit les enjeux d’une telle méthode. Des illustrations pratiques d’estimation de paramètres génétiques et de cartographie d’intervalle pour des caractères de résistance sont exposées. La sélection pour de tels caractères doit être menée avec précaution : les corrélations avec les caractères de production ne sont pas toujours favorables, et les corrélations entre les résistances à plusieurs maladies ne sont pas, à l’heure actuelle, précisées. Une des priorités de ce champ de recherche est la caractérisation fine des interactions hôte-pathogène, par l’épidémiologie et l’immunologie d’une part, ou la génétique du pathogène lui-même d’autre part
