thesis

Modellierung stationärer Zustände von metabolischen Netzwerken: Methoden, Anwendungen, Thermodynamik

Abstract

Eines der ehrgeizigsten Ziele theoretischer biochemischer Forschung ist die Simulation einer kompletten Zelle. Mit der Aussicht, durch die Metabolom-, Proteom- und weitere systemische Analysen in naher Zukunft umfassende und quantitative Informationen über den Zustand der Zelle zu erhalten, hat dieser Forschungszweig deutlichen Auftrieb bekommen. Für die möglich werdende Integration von laborpraktischem und Computerexperiment auf diese Weise ist ein neues Wort geprägt worden: Systembiologie. Es existieren viele Ansätze, um dieses Ziel zu erreichen. Diese Arbeit beschäftigt sich mit der kinetischen Simulation von metabolischen Netzwerken. Das Erreichen eines Fließgleichgewichtszustandes stand dabei im Vordergrund. Dazu wurde die Eignung verschiedener Methoden evaluiert: die Integration von Differentialgleichungen, die Simulation farbiger Petrinetze und die Lösung algebraischer Gleichungen. Es konnte gezeigt werden, dass die Integration von Differentialgleichungen die am besten geeignete Methode für große Netzwerke ist. Bezogen auf die Modellformulierung konnten Erfolge bei der Unterstützung der Netzwerkrekonstruktion und bei der Einarbeitung von thermodynamischen Parametern erzielt werden. Bei der Simulation der Modelle wurde besonderer Wert auf die Behandlung und Identifikation der Systemgrenzen und ihren Einfluss auf die Simulationsergebnisse gelegt. Es wurden Modelle der Glykolyse, des Citratcyclus und des Zentralstoffwechsels von Corynebacterium glutamicum mit allen Zu- und Abflüssen, die für das Wachstum der Zelle relevant sind, simuliert

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