A 2008. április 1. és 2011. december 31. között végzett munka része volt az munkatársaimmal több, mint húsz éve végzett elméleti fehérje szerkezet kutató tevékenységnek, melynek hosszú távú célja a fehérjék szerkezet szerveződésének korszerű leírása. Új molekulamechanikai és molekuladinamikai módszereket fejlesztettünk ki. Ezeket és a már korábban is ismert módszereket felhasználtuk fehérjék egymás közötti, illetve fehérje működése szempontjából releváns folyamatok vizsgálatára. Az általános fehérje szerkezeti vizsgálatokhoz kapcsolódóan létrehoztuk és a világhálóra telepítettünk egy adatbázist a EPIC-DB-t Befejeztük a transzmembrán fehérjék topológiájának vizsgálatát. Ezen a területen is létrehoztunk egy adatbázist, a TOPDOM-ot, amit szintén feltelepítettünk a világhálóra. Transzmembrán fehérjékről több összefoglalót publikáltunk és megkezdtük a munkálatokat ezen fehérjék harmadlagos szerkezetének becsléséhez. A legtöbb munkát a rendezetlen fehérjék témakörében végeztük. Létrehoztuk a jelenleg egyetlen módszert, az ANCHOR-t, rendezetlen fehérjék fehérje kötőhelyeinek a szekvenciából történő becslésére. Jelentős eredményeket értünk el, részben rendezetlen fehérjék más fehérjékkel illetve nukleinsavakkal való kölcsönhatásainak vizsgálatában is. Ezen a területen is publikáltunk összefoglalókat is. | The work we performed in the frame of this project between April 1, 2008 and December 31, 2011 is part of a long term project, started more than two decades ago, to provide a state of the art description of protein structure organization. New molecular mechanics and molecular dynamics methods were developed. These methods, those which we developed earlier and those available from the literature were applied to study protein structures and functionally relevant interactions. As part of our general protein structure research I was involved in the construction of the EPIC-DB database, which is available in the WWW. We have completed our long term study on the topology of transmembrane proteins. As a final part of this program we have constructed the TOPDOM database, put it onto the WWW and published some reviews on transmembrane proteins. We have started the next chapter of our transmembrane protein studies, focusing the relative positions and interactions of the transmembrane segments i.e. the 3D structure. Most of the work of this project involved partly or completely unstructured proteins. The currently only publicly available server to predict binding regions of unstructured protein segments, the ANCHOR were developed and placed on the WWW. We have published several important results on unstructured proteins and their interactions as well as a few reviews in this fiel
