Autophagie ist ein eukaryotischer Abbaumechanismus für langlebige Proteine und Organellen, der unter nährstoffarmen Bedingungen hochreguliert wird. Vorangehende Studien bestätigten bereits die Schlüsselfunktion der Atg1 Kinase in der Aktivierung von Autophagie. Bisher wurden allerdings noch keine Substrate von Atg1 beschrieben. Vor kurzem wurde eine Konsensussequenz für durch Atg1 modifizierte Peptide mittels in vitro Methoden definiert. Dies ermöglichte die Identifizierung von Atg2, Atg9 und Atg18 als wahrscheinliche Substrate der Atg1 Kinase. In dieser Arbeit präsentieren wir einen Ansatz um diese Hypothese mit in vivo Methoden zu bestätigen. Dafür verwendeten wir quantitative Massenspektrometrie und einen neuen Protein-Protein Interaktionsassay, der auf sogenanntem „enzymatischem Tagging“ basiert. Unsere Experimente zeigen, dass Atg9 und Atg2 Substrate von Atg1 sind. Zusätzlich konnten wir eine auf unseren in vivo Daten basiernde Atg1 Konsensussequenz definieren.Autophagy is a degradation pathway of organelles and long lived proteins which becomes activated upon starvation conditions in all eukaryotes. Previous studies have validated the key role of the protein kinase Atg1 in the activation of autophagy; however, so far no targets have been described. Recently, a consensus motif for sites that are modified by Atg1 has been determined by in vitro kinase assays and bioinformatic analyses. Furthermore, the autophagy related factors Atg2, Atg9 and Atg18 have been proposed as putative Atg1 substrates. Here we present an approach to validate these observations in vivo. To do so, we used mass spectrometry and a novel protein-protein proximity assay and that based on stable enzymatic modifications. Our analysis showed that Atg9 and Atg2 are indeed substrates of Atg1. Moreover, we defined an Atg1 consensus motif based on in vivo data
