This study aimed to determine the genetic diversity and relationship of
soursop plants in Java based on Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
molecular marker.
The collection of soursop leaf samples was done by purposive random
sampling with 10 individuals representing a population in Java include Central
Java (consist of Sukoharjo and Karanganyar), East Java (consist of Ngawi and
Pacitan), Yogyakarta (consist of Kulonprogo and Gunung Kidul) and West Java
(only Bogor). RAPD analysis was done by using a Hexadecyltrimethylammonium
Bromide (CTAB) DNA extraction method and then continued by the quality and
quantity of DNA testing, primer selection, optimization DNA by PCR and
separation PCR product with horizontal electhrophoresis. DNA band
amplification results which were obtained then analyzed descriptively. The cluster
analysis using Unweighted Pair Group with Arithmatic Average (UPGMA)
method which available in POPGENE 1.32 program was used to calculate the
genetic distance. Genetic relationship clustering of the soursop plant among
population obtained a dendogram using the Numerical Taxonomy and
Multivariate Analysis System (NTSYS) program version 2.00.
The results showed that RAPD diversity of soursop populations in Java
using 6 types of primer (A18, A20, P10, P11, P04 and P06) produced 152
polymorphic DNA bands (100%) of 152 DNA bands can be observed. Highest
genetic diversity produced on Karanganyar population with genetic diversity
average value (h) was 0,0525±0,1095 where as shortest genetic diversity on
Pacitan population with genetic diversity average value (h) was 0,0418±0,1079.
Dendogram of the relationship based RAPD marker showed that the population of
Karanganyar and Pacitan have nearest relationship with genetic distance value
was 0,0244 where as the population of Sukoharjo and Gunung Kidul have fartest
relationship with genetic distance value was 0,0410.
Keywords: genetic diversity, soursop, Java, RAPD
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dan
hubungan kekerabatan tanaman sirsak di Jawa berdasarkan penanda molekuler
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).
Pengambilan sampel daun sirsak sejumlah 10 tanaman per lokasi
dilakukan secara acak (purposive random sampling) di beberapa lokasi di Pulau
Jawa yaitu Jawa Tengah (Sukoharjo dan Karanganyar), Jawa Timur (Ngawi dan
Pacitan), Yogyakarta (Kulonprogo dan Gunung Kidul) dan Jawa Barat (Bogor).
Analisis RAPD dilakukan dengan ekstraksi DNA menggunakan metode
Hexadecyltrimethylammonium Bromide (CTAB), kemudian dilakukan uji kualitas
dan kuantitas DNA, seleksi primer RAPD, optimasi DNA dengan PCR dan
separasi DNA hasil PCR dengan elektroforesis horizontal. Pita DNA hasil
amplifikasi yang diperoleh kemudian dianalisis keragamannya secara deskriptif.
Untuk menghitung jarak genetik digunakan analisis gerombol (cluster analysis)
menggunakan metode Unweighted Pair Group with Arithmatic Average
(UPGMA) yang ada dalam program POPGENE 1.32. Pengelompokan ini akan
menampilkan hubungan kekerabatan genetik antarpopulasi tanaman sirsak dalam
bentuk dendogram yang dihasilkan dalam program Numerical Taxonomy and
Multivariate Analysis System (NTSYS) versi 2.00.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman RAPD pada populasi
tanaman sirsak di Jawa dengan menggunakan 6 jenis primer (A18, A20, P10, P11,
P04 dan P06) menghasilkan 152 pita DNA polimorfik (100% dari 152 pita DNA
yang dapat diamati. Keragaman genetik tertinggi diperoleh pada populasi
Karanganyar dengan nilai rata-rata keragaman genetik (h) sebesar 0,0525±0,1095
sedangkan keragaman genetik terendah pada populasi Pacitan dengan nilai rata-
rata keragaman genetik (h) sebesar 0,0418±0,1079. Dendogram hubungan
kekerabatan berdasarkan penanda RAPD menunjukkan bahwa populasi
Karanganyar dan Pacitan memiliki hubungan kekerabatan paling dekat dengan
nilai jarak genetik 0,0244 sedangkan hubungan kekerabatan terjauh yaitu dari
populasi Sukoharjo dan populasi Gunung Kidul dengan nilai jarak genetik sebesar
0,0410.
Kata kunci: keragaman genetik, sirsak, Jawa, RAPD
