University of Zagreb. Faculty of Science. Department of Chemistry.
Abstract
AbstractRNA-polimeraza II je enzim koji katalizira nastajanje mRNA. Razlikuje se od ostalih eukariotskih RNA-polimeraza jer u svojoj strukturi sadrži posebnu C-terminalnu domenu (CTD) koja sudjeluje u regulaciji aktivnosti ovoga enzima. C-terminalna domena sadrži ponavljajući slijed od sedam aminokiselina YSPTSPS, a koliko puta će doći do ponavljanja i supstitucija aminokiselina u originalnom slijedu nekim drugim aminokiselinama, ovisi o složenosti organizma. CTD je dinamična, neuređena struktura, sposobna zauzeti različite konformacije uslijed interakcije njenih aminokiselinskih ostataka s okolinom. Stabilizira se vodikovim vezama, van der Waalsovim i elektrostatskim interakcijama, te zauzimanjem najpovoljnije konformacije ovisno od okoline u kojoj se nalazi. Njene funkcije određene su fosforilacijom i defosforilacijom aminokiselina koje se nalaze u ponavljajućem slijedu, a te procese kataliziraju razne kinaze i fosfataze. Ima važnu ulogu u inicijaciji transkripcije jer veže razne proteine, transkripcijske faktore i pomaže u nastajanju preinicijacijskog kompleksa. Tijekom inicijacije se fosforilira kako bi RNA-polimeraza mogla ući u elongacijsku fazu transkripcije. Tijekom i nakon transkripcije dolazi do prekrajanja, procesiranja i nastajanja 5'- kape na primarnim transkriptima. CTD i ovdje ima važnu ulogu, interagirajući i vežući se na važne faktore koji sudjeluju u tim procesima. U ovom radu će, stoga, biti fokus na tome koja je točno uloga CTD u navedenim procesima i na koji način C-terminalna domena sudjeluje u regulaciji aktivnosti RNA-polimeraze II
