We verify whether the proximity claimed by state-of-the-art statistical similarity measures are indeed biologically appropriate or not. We present some analytical results on it

Malay Bhattacharyya

English

AbstractWe verify whether the proximity claimed by state-of-the-art statistical similarity measures are indeed biologically appropriate or not. We present some analytical results on it.</jats:p

Crossref

Nature Precedings

Mapping from Statistical to Biological Proximity

Mapping from Statistical to 
Biological Proximity
Malay Bhattacharyya
SRF, MIU, ISI Kolkata
August 26, 2010 1ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Outline
• Statistical proximity
• Similarity/dissimilarity measures
• Gene ontology
• Biological proximity
• Dependence analysis
• Conclusions
August 26, 2010 2ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Statistical proximity
August 26, 2010 3ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Similarity/dissimilarity measures
August 26, 2010 4ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Gene ontology
August 26, 2010 5
Level n
…
Level 4
Level 3
Level 2
Level 1 GO
Biological 
Process
locomotion growth
Molecular 
Function
catalytic
Cellular 
Component
Organelle
Intra 
organelle
Inter 
organelle
ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Gene ontology (a closer view)
August 26, 2010 6ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Biological proximity [1]
August 26, 2010 7ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
G‐SESAME [2]
August 26, 2010 8ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Dependence analysis
August 26, 2010 9ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Dependence analysis (continued)
August 26, 2010 10ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Dependence analysis (continued)
September 02, 2010 11August 26, 2010 ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
The BioSimmeasure [6]
August 26, 2010 12ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Results on BioSim
• For BP: 0.53
• For MF: 0.56
• For CC: 0.54
August 26, 2010 13ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Biological evaluation of clusters
August 26, 2010 14ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Conclusions
• More robust understanding of gene ontology
• More robust measure
August 26, 2010 15ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
References
1. P. W. Lord, R. D. Stevens, A. Brass and C. A. Goble, “Investigating semantic similarity 
measures across the Gene Ontology: the relationship between sequence and annotation,” 
Bioinformatics, 19(10):1275‐1283, 2003.
2. J. Z. Wang, Z. Du, R. Payattakool, P. S. Yu and C. ‐F. Chen, “A new method to measure the 
semantic similarity of GO terms,” Bioinformatics, 23(10):1274‐1281, 2007.
3. H. Wang, F. Azuaje, O. Bodenreider and J. Dopazo, “Gene Expression Correlation and Gene 
Ontology‐Based Similarity: An Assessment of Quantitative Relationships,” In Proceedings 
of the IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and 
Computational Biology, pp. 25‐31, 2004.
4. M. Popescu, J. M. Keller, and J. A. Mitchell, “Fuzzy measures on the gene ontology for 
gene product similarity,” IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and 
Bioinformatics, 3(3):263–274, 2006.
5. M. Mistry and P. Pavlidis, “Gene ontology term overlap as a measure of gene functional 
similarity,” BMC Bioinformatics, 9:327, 2008.
6. S. Bandyopadhyay and M. Bhattacharyya, “,” IEEE/ACM Transactions on Computational 
Biology and Bioinformatics, 2010 (in press).
August 26, 2010 16ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2
Thank you
August 26, 2010 17ISS, MIU, ISI Kolkata
N
a
t
u
r
e
 
P
r
e
c
e
d
i
n
g
s
 
:
 
d
o
i
:
1
0
.
1
0
3
8
/
n
p
r
e
.
2
0
1
2
.
7
1
2
2
.
1
 
:
 
P
o
s
t
e
d
 
3
 
A
p
r
 
2
0
1
2


http://precedings.nature.com/documents/7122/version/1

Mapping from Statistical to Biological Proximity

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Crossref

Nature Precedings