Eőry, Ajándok

Klósz, T.

Káldi, Tamás

Pótczy, Péter

Tarján, P.

Ács, István

Eőry Ajándok

Klósz T.

Ács István

Tarján P.

Káldi Tamás

Pótczy Péter

University of Szeged

- 541 -Álattenyésztéri Kutatóintézet és Számitógépalkalmazási Kutató-intézet A POPGEN populációgenetika? információs rendszer Eó'ry A . , Klósz T . , Ács I . , Tarján P . , Káldi T. és Pótczy P. Alapfogalmak A populációgenetika szemléletmódjónak fő jellemvonása, hogy az állategyedek vizsgálata helyett a teljes populációk ge-netikai analizisére és nemesítés? eljárásainak fejlesztésére irányít-ja a tenyésztők figyelmét. Genetikai szempontból populációnak tekintjük az állatállományt akkor, ha tagjai egymás között páro-sodnak és bizonyos mértékű genotipusos és rendszerint fenotipusos hasonlóságot mutatnak. Ez az a hasonlóság, amely a szóban forgó állományt többé-kevésbé határozottan elhatárolhatóvá teszi. (Dohy, 1973.) A populáció vi-sgálata egyedei tulajdonságainak mérésével, vizsgálatával kezdődik. Sertések esetén - a POPGEN rendszer ser-tésállományok adataira épül - az állategyedek tulajdonságai örököl-hetőség szempontjából 3 nagy csoportba oszthatók: 1. Kevéssé öröklődő tulajdonságok, mint pl. szaporaság (az-az malacszám), valamint a születéskori malac önsúly (un. alomsuly). 2. Közepesen öröklődő tulajdonságok, idetartozik az állat takarmányértékesitése és növekedési erélye. 3. A jól öröklődő tulajdonságok közé tartozik az állat sza-lonnavastagsága, ezzel kapcsolatban a hus-zsir aránya stb. - 542 -Problémafelvetés Az állattenyésztési viszonyokat jól jellemzi az un. tenyész-tői piramis: Az állattenyésztés szempontjait jellemző tenyésztői piramis Hazánk tenyészállat-állománya viszonylag kisszámú e l i t - t e -nyészetben található, egy-egy telepen viszonylag nagy számban. Ez a tőkés viszonyokhoz képest is egyedülálló sajátság lehetővé te-szi nagy állatlétszámu populációk bevonását a genetikai nemesitő munkába. Nagy állatlétszámok esetén azonban nélkülözhetetlen egy populáció-genetikai számitógépes információs rendszer. A fajsertés tenyészetek állománya funkció szerint három részre osztható. A fajok fenntartását hivatott szolgálni a törzsállo-mány. A tenyészállomány a levágott hízósertések utánpótlását bizto-sítja. Leselejtezett egyedei helyére a törzsállományból kerül utód. Bár a tenyésztői munkát csak a törzs- és tenyészál lományon kell végezni, az itt nyilvántartott egyedek száma jelenleg már 1500. 1. ábra (2. ábra) - 543 -Te ny é s2 á11omán y Tcrz állománv HLzóállo-mány 2. ábra A törzs-, tenyész- és hizóállomány kap-csolata A PQPGEN rendszer Jelen előadásunk szorosan kapcsolódik az előzőekhez, mivel a POPGEN rendszer kialakításához, karbantartásához és lekérdezé-séhez szükséges programrendszer kialakításával járó munkaráfordítást lecsökkentettük azzal , hogy a Szómitógépalkalmazási Kutatóintézet-tel együttműködve a MEDREK rendszerrel szerzett tapasztalatokat hasznosítottuk. A POPGEN akárcsak a MEDREK archív rendszer. Ez azt je-lenti, hogy az adatbázis egy dologra vonatkozó adatait vagy mó -dositani, vagy lekérdezni lehet. A két állapot közötti választóvonal az illető dologra vonatkozó adategyüttes lezárása. Természetesen e -setenként un. fiktiv lezárást is alkalmazhatunk, így a tenyészállo-mány naprakész lekérdezésére is van lehetőség. Bizonyára emlékszik a tisztelt Hallgatóság a megelőző előa-dásból, de a két évvel ezelőtt ugyanezen a kollokviumon elhangzott beszámolókban szerepelt már (Széphalmi et a l . , 1974, Lánc et a l . 1974) a klinikai MEDREK adatok típusának ismertetése (3. ábra). Itt az eseménytípus együtt jelzi az adat tipusát és értékét is. - 544 -Klinikai MEDREK PCPGHTT LEDREK Beteg forrás dátum jelző esemény tip. láeg j. -| Állat forrás dátum adatfajta érték meg 3-3. ábra A klinikai MEDREK és a POPGEN-MEDREK adatstruktúrája A POPGEN rendszer esetében a szóbajöhető értékek nagy száma miatt az eseménytípust két részre bontottuk, az adatfajta és érték fogalmát kettéválasztottuk. Ebbe a strukturába épült be az az uj jellemvonás, hogy rokoni kapcsolatok állnak fenn az állategyedek között. Ezeknek a sokszor rendkívül szövevényes rokoni kapcsolatoknak az értelmezé-se a megfelelő fogalmak bevezetésével történt. A rendszer által értelmezhető fogalmak együttese a kataló-gus. Ugyancsak ismert az előző előadásból, hogy a katalógusban a forrás, adatfajta és érték fogalmai szerepelnek. A katalógusban sze-replő' fogalmak nem függetlenek egymástól, ezeket bizonyos kapcso-latok fűzik egymáshoz. A kapcsolatok közül a genetikus-specifikus (G-S) összefüggés a legfontosabb. Lehetőségek A POPGEN rendszer adatszolgáitatásait mindenekelőtt annak eldöntésére kívánjuk felhasználni, hogy a szóbajövő populáció egy-séges-e az egyes értékmérő tulajdonságokra nézve, vagy több-kisebb populáció összekeveredésével állunk szembe. Ez a feladat a tulajdon-ság-adatok gyakoriságvizsgálatát jelenti. Ha a vizsgált populációnk homogén, a kiválasztott tulajdon-ságokra alapstatisztikákat kérünk, úgymint átlag, szórás, minimum és maximum értékeket. A kiindulási és a következő generációk figyelembevételével most már kiszámíthatjuk az un. örökölhetőség! értéket (k^) , amely - 545 -egyféle értelmezésben a populációra jellemző utód-szülő regresszi-ós koefficiens. Abban az esetben, ha mindkét szülő tulajdonságait ismer ¡ük a k 2 k iszámitásához a szülői tulajdonságok átlagát képez-hetjük. Az örökölhetőség! érték ismeretében számításokat kell vé-gezni a tenyésztői genetikai előrehaladás becslésére. Ehhez minde-nekelőtt a generáció intervallum kiszámítására van szükség: - . k A » k M - 2 azaz a malac születésekor a kan és a koca életkorának (k^ és k ^ ) át laga. \ A tenyésztői feladat szabja meg az un. szelekciós intenzitás (I) értékét, amely pl . ha a 27 mm-es hátszalonna vastagságról le a -karunk menni 24 mm-re egy generáció intervallum alat t , akkor kb. 10 % . Mindezek alapján a genetikai előrehaladás: A g = l . h 2 . X / G , ahol X az átlagos tulajdonság érték. Mivel a gyakorlatban több tulajdonság vizsgálata alapján sze-lektálunk az egyes tulajdonságok súlyozásával egy un. szelekciós indexet kell megadni. A POPGEN információs rendszer adatbázisa különböző sertés-fajta e l i t tenyészeteinek adatait tartalmazza R-10-es számitógépen. Ezeknek az un. alapvonalaknak a homogénizálása a cé l , ami megté-rül a z z a l , hogy a belőlük kialakított tenyészhibrid is jobban homoge-nizálható. I r o d a l o m (1) Dohy, J . : Bevezetés a populációgenetikába ( in : "A genetika a l k a l -mazása az állatnemesitésben") M É M Mérnök- és Vezető-továbbképző Intézet, Orsz.Álatteny. Felügy. Budapelt, 1973. - 546 -(2) Széphalmi, G . , Kovács, F . , Naszlady, A . , Pótczy, P.: Fogalomrendszer és modell orvosi-egészségügyi információk kezelésére, Számítástechnikai és kibernetikai módszerek alkalmazása az orvostu-dományban és a biológiában, 5 . Kollokvium, Szeged, 1974. (3) Lánc, M . , Széphalmi, G . , Torma, L. : Számitógépes kór-házi kóresettár kialakitó, karbantartó és lekérde-ző' programrendszer, Számitástechnikai és kiberne-tikai módszerek alkalmazása az orvostudományban és a biológiában, 5 . Kollokvium, Szeged, 1974. 

A POPGEN populációgenetikai információs rendszer

http://acta.bibl.u-szeged.hu/45860/1/szamtech_orvost_koll_007_541-546.pdf

A POPGEN populációgenetikai információs rendszer

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

University of Szeged