Кипень, В.Н.

Repository of Polessky State University (Репозиторий Полесского государственного университета)

63  дулирующее, стресспротекторное, антивирусное  действие, а также положительно влияет на ли-пидный обмен (снижает «плохой» холестерин) [4].   По результатам немногочисленных экспериментов, можно констатировать, что длительное воз-действие эпибрассинолида на организм животных приводит к развитию типичной аутоиммунной реакции, в которой присутствуют основные компоненты этого процесса [2].  Таким образом, на основании материалов, доступных в печати, можно рекомендовать широкое применение биодобавок на основе растительных стероидов в качестве средств адаптогенного и восстановительного действия. В наших исследованиях предполагается, что психоэмоциональный и физический стресс будет сопровождается морфофункциональными изменениями семенников: появлением оптических пустот между базальными мембранами семенных канальцев, уменьшени-ем их внешнего диаметра в сочетании с уменьшением просвета канальцев; угнетением гормонопо-этической функции (снижением концентрации тестостерона); ухудшением качества спермы (сни-жение концентрации спермиев; двигательной активности); повышение числа спермиев с патоло-гическими формами хвостов, с патологическими формами головок. На фоне выявленных патоло-гий применение препарата 24-ЭПБ нормализует гормонопоэтическую функцию семенников мы-шей, находящихся в состоянии психоэмоционального и физического стресса,  улучшит качествен-ные показатели спермы. Его применение позволит снизить число спермиев с патологическими формами.  Список использованных источников 1. Вайнер, А.А. Влияние 24-эпибрассинолида на устойчивость растений проса (Panicum miliaceum) к водному стрессу / А. А. Вайнер, Ю. Е. Колупаев, А. И. Обозный, Т. О. Ястреб, В. А. Хрипач // Вісник Харківського національного аграрного університету. Сер. : Біологія. – 2014. – Вип. 2. – С. 46-55. 2. Войтович, А. М. Влияние эпибрассинолида на показатели иммунной системы / А. М. Войто-вич, А. И. Котеленец, В. В. Шевляков, В. Ю. Афонин, Л. А. Наджарян, Е. С. Лобано, Б. Василевич. – 2006. – 33-37 С. 3. Скапцов, М. В. Влияние 24-эпибрассинолида на продолжительность культивирования щаве-ля (Rumex acetosa L.) in vitro / М. В. Скапцов,М. Г. Куцев //  Вестник Томского государственного университета. Сер.: Биология. – 2013. – № 2 (22). – С. 52-56. 4. Шакирова, Ф. М. Неспецифическая устойчивость растений к стрессовым факторам и ее регу-ляция / Ф.М. Шакирова. Уфа: Гилем, 2001. –160 с.   УДК 573.6.086.83:636; 004.048  МОДЕЛИРОВАНИЕ ПАНЕЛИ ПОРОДОСПЕЦИФИЧНЫХ SNP-МАРКЕРОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧИСТОПОРОДНОСТИ ДОМАШНИХ СВИНЕЙ ПОРОДЫ ДЮРОК  КИПЕНЬ Вячеслав Николаевич, научный сотрудник НИЛ молекулярно-биологических исследований ГУ «Научно-практический центр Государственного комитета  судебных экспертиз Республики Беларусь»  Введение. Дюрок (анг. Duroc) – порода свиней красной масти. Изначально порода была саль-ного направления, но учитывая высокий спрос, со временем направление продуктивности измени-лось на мясное. Дюрок – американская порода свиней, выведенная в конце 19 века. В настоящее время широко распространена во всем мире. Дюроки достаточно выносливые и хорошо приспо-сабливаются к пастбищному содержанию. Порода отличается своими высокими мясными качествами. Животные этой породы больших размеров, крепкой конституции. Туловище умеренной длины, глубокое и широкое. По много-плодности свиньи породы дюрок не очень плодовиты. По плодовитости уступают крупной белой и ландрасу. За один опорос свиноматка приносит от 9 до 11 поросят. Хряки этой породы используются в качестве терминальной линии для производства товарных свиней, характеризующихся высоким качеством мяса и туши. На сегодняшний день порода дюрок ПлесГУ64  широко распространена в европейских странах. В Республике Беларусь данная порода распро-странена слабо – доли процента от общей численности поголовья Sus scrofa domesticus. Ранее нами была показана возможность с использованием данных полногеномных сиквенсных проектов коммерческих пород свиней определить наличие породоспецифичных SNP-маркеров для животных некоторых пород свиней [1-3]. Цель и задачи. Cмоделировать с использованием MDR-анализа (Multifactor dimensionality reduction [4]) панель генетических маркеров, способную дифференцировать животных породы дюрок от представителей пород крупная белая, ландрас, пьетрен и мейшан, а также охарактеризо-вать ее с позиций чувствительности, специфичности и общей точности. Материалы и методы. Поиск породоспецифичных SNP был выполнен с помощью алгоритма SRA Nucleotide BLAST (Sequence Read Archive Nucleotide BLAST) и программы BioEdit v.7.2.5. Количество включенных в анализ SNP – 193 [5]; число полногеномных прочтений для свиней по-роды дюрок – 28 (BioSample NCBI, [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample] – SAMEA1557407, SAMEA1557419, SAMEA1557423, SAMEA1557434, SAMEA3497837, SAMEA3497838, SAMEA3497839, SAMEA3497840, SAMN03031126, SAMN03031127, SAMN03031128, SAMN03031129, SAMN03031130, SAMN03031131, SAMN03031132, SAMN03031133, SAMN03031134, SAMN03031135, SAMN03031136, SAMN03031137, SAMN03031138, SAMN03031139, SAMN03031140, SAMN03031141, SAMN03031142, SAMN03031143, SAMN03031144, SAMN03031145), для других пород – 58 (крупная белая – 17 (SAMEA3497789, SAMEA3497790, SAMEA3497853, SAMEA1557412, SAMEA1557415, SAMEA1557431, SAMEA1557413, SAMEA1557402, SAMEA1557389, SAMEA1557435, SAMEA1557422, SAMEA1557406, SAMEA1557404, SAMEA1557383, SAMEA1557425, SAMEA1557427, SAMEA1557399), ландрас – 21 (SAMEA1557405, SAMEA1557416, SAMEA1557436, SAMEA1557390, SAMEA3497847, SAMEA3497848, SAMEA3497850, SAMEA3497851, SAMN03031146, SAMN03031147, SAMN03031148, SAMN03031149, SAMN03031150, SAMN03031151, SAMN03031152, SAMN03031153, SAMN03031154, SAMN03031155, SAMN03031156, SAMN03031157, SAMN03031158), мейшан – 14 (SAMEA3497800, SAMEA3497801, SAMEA3497802, SAMEA3497803, SAMEA3497804, SAMEA3497805, SAMEA3497806, SAMEA3497807, SAMEA3497808, SAMEA3497809, SAMEA1557420, SAMEA1557428, SAMEA1557395, SAMEA1557410), пьетрен – 6 (SAMEA1557430, SAMEA1557432, SAMEA1557392, SAMEA1557408, SAMEA1557397, SAMEA3497860)). Общее количество проанализированных сиквенсов – 32 754 738 518. Были использованы SRA-данные по полногеномному секвенированию (NGS, Next-Generation Sequencing), размещенные в открытом доступе на облачном сервисе DNAnexus (http://sra.dnanexus.com/), а также в SRA-NCBI – high-throughput DNA and RNA sequence read archive (www.ncbi.nlm.nih.gov/sra). Построение модели взаимодействий SNP (определение минимального и достаточного количе-ства генетических маркеров для решения поставленной задачи) проводилось с использованием биоинформатического метода MDR (http://www.multifactordimensionalityreduction.org/). Результаты и обсуждение. В результате проведенного исследования нами было выявлено наличие 32 строго специфичных SNP-маркеров (породоспецифичный аллель отмечен только у представителей данной породы) для породы дюрок: H3GA0041584, ALGA0080273, ALGA0080306, ALGA0121437, ALGA0005730, ALGA0048872, ALGA0066693, ALGA0123578, ASGA0098607, ALGA0025040, ASGA0008074, ALGA0073165, ALGA0019280, ALGA0044392, ASGA0069555, ALGA0078851, ALGA0106902, ASGA0004361, ASGA0050174, ALGA0061248, ALGA0097613, ALGA0100515, ALGA0097844, ALGA0069975, ALGA0093148, ALGA0048730, ALGA0047768, ALGA0066573, ALGA0120198, ASGA0051859, ALGA0112306, ALGA0053392. Частота пороспе-цифического аллеля варьировала в широких пределах – от 8,0% до 96,4%. В процессе моделирования нами были использованы высоко консервативные настройки поиска конфигурации модели, которые позволили однозначно дифференцировать наличие/отсутствие статистически значимых эффектов: количество атрибутов (attribute count range) – от 1 до n (где n – количество переменных в модели); воспроизводимость модели (cross-validation count) – 100; ана-лиз топ-моделей (track top models) – 1000; поиск конфигурации модели (search method configuration) – exhaustive; классификация ячеек (ambiguous cell assignment) – unclassified. В результате проведенного моделирования были определены 5 моделей, отражающие такое со-четание породоспецифичных для породы дюрок SNP, которое позволило наилучшим образом от-личить животных этой породы от других пород в рамках данной работы. В частности, каждая мо-ПолесГУ65  дель включала в себя только два SNP и характеризовалась следующими характеристики: сбалан-сированная точность (adj. Balanced accuracy) – не менее 96%, чувствительность (Sensitivity) – не менее 99%, специфичность (Specificity) – не менее 99%, воспроизводимость (Cross Validation Consistency) – 100%. Заключение. Таким образом, предложена и охарактеризована модель, включающая два SNP-маркера, с помощью которой имеется возможность с высокой точностью (более 96%) отличить чистопородных домашних свиней породы дюрок от особей пород крупная белая, ландрас, пьетрен и мейшан. Для некоторых моделей показана возможность определения генотипа с использованием ПЦР-ПДРФ, т.е. данная схема может быть реализована в молекулярно-генетической лаборатории с минимальным оборудованием. Полученные результаты могут лечь в основу создания панели SNP-маркеров для определения чистопородности особей породы дюрок подвида Sus scrofa domesticus.  Список использованных источников 1. Моделирование панели породоспецифичных SNP-маркеров для определения чистопородно-сти домашних свиней крупной белой породы / В.Н. Кипень // IX Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Молекулярная диагностика – 2017», ка-тегория Ветеринария и селекция в животноводстве: Сборник материалов конф. – Москва, РФ. – 2017. – С. 396-397. 2. Снытков Е.В. Моделирование панели породоспецифичных SNP-маркеров для определения чистопородности домашних свиней породы пьетрен / Е.В. Снытков, В.Н. Кипень // Сборник XVII Всероссийской молодежной научной конференции «Биотехнология в растениеводстве, животно-водстве и ветеринарии», 6-7 апреля 2017. – Москва. – 2017. – С. 134-136. 3. Кипень В.Н. Моделирование панели породоспецифичных SNP-маркеров для определения чистопородности домашних свиней породы мейшан / Сборник XVII Всероссийской молодежной научной конференции «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии», 6-7 апреля 2017. – Москва. – 2017. – С. 143-146. 4. Greene, С. Multifactor dimensionality reduction for graphics processing units enables genome-wide testing of epistasis in sporadic ALS // Bioinformatics. – 2010. – P. 694-695. 5. Ramos, A.M. Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing / A.M. Ramos, H.J. Megens, R.P. Crooijmans [et al.] // Anim. Genet. – 2011. – Vol. 42(6). P. 613-620.   УДК 58.087, 639.64, 639.3.043.13   ВОЗМОЖНОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ СПЕКТРОФОТОМЕТРИЧЕСКОГО  МЕТОДА КОНТРОЛЯ ЧИСЛЕННОСТИ КЛЕТОК ПРИ КУЛЬТИВИРОВАНИИ ВОДОРОСЛЕЙ ДЛЯ ЦЕЛЕЙ АКВАКУЛЬТУРЫ  КОЗЛОВА Тамара Васильевна, д.с.-х.н., доцент Гродненский государственный аграрный университет ДМИТРОВИЧ Наталья Павловна, ассистент Полесский государственный университет  Введение. Водоросли, являясь неотъемлемой частью природных экосистем, представляют со-бой источник разнообразных ценных и уникальных биоорганических соединений, богаты белка-ми, витаминами, микроэлементами и биологически активными веществами [2]. Это способствуют широкому спектру использования водорослей. Выделяя в окружающую среду различные биологи-чески активные вещества, они способны оказывать регуляторное воздействие на другие организ-мы [4]. Культивирование в специальных установках водорослей, в частности хлореллы и сцене-десмуса, позволяет получать суспензию, которую применяют в качестве ценного корма и биости-мулятора в животноводстве, птицеводстве, пчеловодстве и аквакультуре. Аквакультура как управляемая система технологических приемов воспроизводства и выращи-вания гидробионтов базируется на использовании комбикормов. В рыбоводстве обычно исполь-зуются корма, сбалансированные по всем компонентам и питательным веществам [3]. Известно, что добавки в них водорослей способствуют нормализации обменных процессов у рыб, ускоряют ПлесГУ

МОДЕЛИРОВАНИЕ ПАНЕЛИ ПОРОДОСПЕЦИФИЧНЫХ SNP-МАРКЕРОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧИСТОПОРОДНОСТИ ДОМАШНИХ СВИНЕЙ ПОРОДЫ ДЮРОК

https://rep.polessu.by/bitstream/123456789/13136/1/KIPEN%27%27_MODELIROVANIE_PANELI.pdf

МОДЕЛИРОВАНИЕ ПАНЕЛИ ПОРОДОСПЕЦИФИЧНЫХ SNP-МАРКЕРОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧИСТОПОРОДНОСТИ ДОМАШНИХ СВИНЕЙ ПОРОДЫ ДЮРОК

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Repository of Polessky State University (Репозиторий Полесского государственного университета)