Penggunaan bahan kimia berbahaya dalam proses penanganan, produksi maupun pengolahan produk - produk hasil perikanan beberapa tahun terakhir ini dapat merupakan salah satu pemicu terjadinya oksidasi maupun modifikasi struktur protein daging ikan yang memberikan dampak langsung terhadap kualitas gizi hasil perikanan terutama protein ikan. Sebagai contoh adalah penggunaan formalin sebagai bahan pengawet ikan.oleh para nelayan dibeberapa daerah pesisir di Indonesia. Pendekatan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah dengan melakukan percobaan secara invitro dengan menggunakan model berupa preparat protein daging merah dan putih dari ikan Tuna (Thunus Sp). Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh konsentrasi formaldehid yang digunakan serta dampak interaksinya dengan protein terhadap pembentukan protein karbonil, penurunan protein terlarut dan terjadinya denaturasi protein (modifikasi srtuktur) protein serta kandungan asam amino dari protein daging merah dan putih ikan Tuna. Hasil penelitian menunjukkan konsentrasi formaldehid berpengaruh sangat nyata terhadap pembentukan protein karbonil, penurunan protein terlarut serta terjadinya denaturasi protein (modifikasi struktur) pada daging merah maupun daging putih dari ikan Tuna. Dampak interaksi antara protein dengan formaldehid menyebabkan terjadinya penurunan yang signifikan pada beberapa asam amino esensial seperti histidin, metionin dan lisin yaitu sebesar 45,71 %; 20,46 %; 34,90 % pada daging merah dan 35,56 %; 27,83 %; 12,87 % pada daging putih. Adanya perbedaan komposisi kimia antara daging merah dan daging putih dari ikan Tuna menyebabkan protein daging merah cenderung lebih cepat mengalami kerusakan oksidatif bila dibandingkan dengan daging putih