Tesis (Doctor en Biotecnología)La levadura induce reprogramaciones transcripcionales para tolerar el
desafiante y a la vez, cambiante ambiente que se desarrolla durante la
fermentación alcohólica. Los mecanismos sistémicos que controlan este
proceso no han sido completamente dilucidados. En este trabajo, datos del
transcriptoma de la levadura obtenidos por análisis seriado de expresión génica
(SAGE) revelaron actividad transcripcional en regiones intergénicas, mediante
mapeo de etiquetas NORF (regiones de lectura no abiertas). El ARN no
codificante largo de tipo intergénico con la mayor sobre-expresión en la fase
estacionaria tardía de la fermentación alcohólica, fue caracterizado por estudios
fisiológicos y por análisis transcriptómico de microarreglos en una cepa mutante
nula para este ARN. Las evidencias sugieren que este ARN no codificante
participa en la modulación de la actividad regulatoria de los factores de
transcripción ADR1 y AFT2, los cuales cumplen un papel relevante durante la
fase estacionaria de la fermentación alcohólica, la que se asocia con
condiciones estresantes, tales como agotamiento de nutrientes y
concentraciones tóxicas de etanol. Además, desde este conjunto de datos
fueron descubiertos ARNs de antisentido (asARN) y luego caracterizados
funcionalmente. En su conjunto, las evidencias sugieren fuertemente que estos
ARNs no codificantes corresponden a asARNs que juegan un rol regulatorio en
la fase estacionaria de la fermentación alcohólica mediante el silenciamiento de
genes diferencialmente expresados en S. cerevisiae. Estos genes están
involucrados en metabolismo respiratorio y la composición de la membrana, los
cuales podría estar implicados en procesos de adaptación a las condiciones
estresantes de la fase estacionaria de la fermentación.Yeast induces transcriptional reprogramming to tolerate the increasingly
challenging environment that develops during alcoholic fermentation . Systemic
mechanisms that control this process are not fully understood yet. In this work,
serial analysis of gene expression (SAGE) transcriptomic data revealed , by
NORF (Non Open Reading Frame) tags mapping , transcriptional activity across
long intergenic regions. The long intergenic non-coding (nc) RNA up-regulated
highest at late-stationary phase was characterized by microarray experiments,
performed in a yeast strain knock out for this RNA. The evidences suggest that
this ncRNA participates in the modulation of the activity of regulatory
transcription factors ADR1 and AFT2 during stationary phase of alcoholic
fermentation, which is associated with stressing conditions, such as nutrient
depletion and toxic ethanol levels. Furthermore, antisense (as) RNAs were
discovered from this data set and then functionally characterized. Altogether, the
evidences strongly suggest that these ncRNAs are asRNAs that play a
regulatory role at late-stationary phase of alcoholic fermentation by silencing of
specific differentially expressed genes S. cerevisiae. These genes are involved
in respiratory metabolism and membrane composition, which might have
implications in adaptation process to stressing conditions from stationary phase
