Dalam penelitian kualitatif ini menggunakan metode Analisis komparatif. setelah data terkumpul data dianalisa, kemudian data tersebut dianalisis dan dipelajari secara cermat dan dideskripsikan yang selanjutnya memberikan gambaran dan penjelasan serta diuraikan persamaan dan perbedaan keduanya. Dari data penelitian dapat diketahui bahwa pemikiran pendidikan Mahmud Yunus dan Mohammad Natsir meliputi pengertian Pendidikan Islam, tujuan pendidikan Islam, kurikulum pendidikan Islam dan evaluasi pendidikan Islam. Kedua tokoh ini mempunyai lebih persamaan dan perbedaan dalam konsep pemikiran Pendidikan Islam baik mengenai pengertian pendidikan Islam, tujuan pendidikan Islam,kurikulum pendidikan islam dan evaluasi pendidikan Islam, hanya saja pada model pembelajaran Mahmud Yunus terkesan lebih modern dari pada Mohammad Natsir, hal ini juga dapat dipengaruhi oleh latar belakang kedua tokoh tersebut
