زمینه و هدف: روتاویروس ها به عنوان یکی از مهمترین عوامل ایجاد کننده گاستروانتریت حاد در کودکان و نوجوانان محسوب می شوند. سازمان بهداشت جهانی در سال 2005 به تمامی کشورهای در حال توسعه شناسایی سروتایپ ها و ژنوتایپ های شایع این ویروس (پایش بیمارستانی) را پیشنهاد نموده است. هدف از این پژوهش، تعیین ژنوتایپ شایع روتاویروس ها با روش RT-PCR در کودکان بستری شده در بیمارستان های شهرستان جهرم به مدت یک سال است. روش بررسی: در این پژوهش توصیفی-تحلیلی، 163 نمونه مدفوع از کودکان زیر 5 سال مبتلا به اسهال شدید بستری شده در دو بیمارستان شهرستان جهرم جمع آوری شد. ابتدا گروه A روتاویروسی با روش آنزیم ایمونواسی (EIA) شناسایی و سپس ژنوتایپ نمونه های مثبت با استفاده از 9 پرایمر اختصاصی با روش RT-PCR تعیین گردید. نتایج با استفاده از آزمون های مربع کای، t-test و آزمون دقیق فیشر مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته ها: از مجموع 163 نمونه جمع آوری شده 75 (2/46) مورد با روش الایزا از نظر وجود روتاویروس مثبت ارزیابی شدند. فراوانی ژنوتایپ های G1، G2، G3، G4، G9 و مخلوط (MIX) به ترتیب: 13 (33/17)، 10 (34/13)، 2 (67/2)، 23 (66/30)، 2 (67/2) و 2 (67/2) بود. بیشترین شیوع مربوط به فصل زمستان با فراوانی 69/22 و کمترین شیوع مربوط به فصل تابستان با فراوانی 29/4 بود (05/0
