La fertirrigazione può essere utilizzata nei sistemi agricoli biologici dove,in sinergia con altre strategie di gestione della fertilità del terreno, può contribuire al raggiungimento di soddisfacenti risultati tecnici ed economici.
Tuttavia, per garantire i vantaggi agronomici ed ambientali propri delle produzioni organiche, la fertirrigazione non dovrebbe essere utilizzata come unica tecnica di fertilizzazione, semplicemente sostituendo ai concimi di sintesi i fertilizzanti organici consentiti in agricoltura biologica