Os estuários são corpos dágua costeiros, semi-confinados, onde ocorre mistura de água de doce, vinda do continente, com água salgada do oceano, essa mistura é influenciada pelas marés, ventos e volume de água drenado do continente. São considerados ambientes altamente produtivos, além de possuírem uma elevada heterogeneidade de ambientes como manguezais, canais de maré, planícies de maré e praias arenosas. O presente trabalho objetiva descrever a variação espaço-temporal na estrutura e composição da assembleia de peixes nas áreas rasas do estuário do rio São Mateus, Espírito Santo. Coletas mensais, entre Julho/2012 e Junho/2013, foram realizadas em 8 áreas rasas no estuário do rio São Mateus. Em cada ponto amostral, foram realizados três arrastos com rede picaré, concomitante a coleta de parâmetros abióticos (temperatura, salinidade, turbidez e profundidade). Variações significativas dos parâmetros abióticos ocorreram nas estações do ano e os pontos amostrais. A assembleia de peixes foi composta, em sua maior parte, por indivíduos juvenis e de pequeno porte. Diferenças significativas da composição da assembleia, biomassa, densidade e número de espécies foram observadas entre estações e pontos. Foram verificadas maiores abundâncias de jovens recrutas no outono para Atherinella brasiliensis e Ctenogobius boleosoma, enquanto que para Rhinosardinia bahiensis e Centropomus undecimalis ocorreu no inverno, as demais espécies não apresentaram variação expressiva entre as classes de tamanho. Em relação a distribuição espacial foi observada elevada ocorrência das espécies R. bahiensis, Trinectes paulistanus, C. undecimalis e C. parallelus nos pontos localizados na porção superior do estuário, enquanto Sphoeroides testudineus e C. boleosoma foram mais abundantes nos pontos na porção média do estuário e A. brasiliensis foi mais abundante nos pontos da porção inferior do estuário. A salinidade foi a variável mais importante para variação da abundância de A. brasiliensis e S. spengleri, enquanto as espécies Anchovia clupeoides, C. undecimalis, C. parallelus e Gobionelus oceanicus foram positivamente relacionadas a profundidade. As espécies T. paulistanus, Genidens genidens e Achirus lineatus foram relacionadas a variável turbidez. Desta forma, as áreas rasas estudadas são potenciais ambientes berçários para diversas espécies de peixes durante sua fase juvenil, o que enaltece a importância dessas áreas para a manutenção da biodiversidade local
