As regiões funcionais de Lisboa e do Porto concentram um grande volume de emprego (76% do pessoal ao serviço no Continente), da capacidade produtiva (81% do PIB) e das exportações portuguesas (90%), mas também polarizam o capital social, organizacional e de conhecimento do país, exibindo no entanto diferenças substanciais entre elas. São as regiões âncora dos processos de globalização e de inovação da base económica portuguesa. A atual política de inovação da União Europeia desenvolve-se segundo o quadro teórico da especialização inteligente, que direciona as estratégias económicas para a promoção das capacidades produtivas dos países, reforçando as vantagens comparativas regionais. Importa assim identificar o que faz cada região e se existem sistemas de inovação diferenciados. Neste sentido, este estudo procura identificar, nas duas macrorregiões funcionais, os domínios de especialização e os respetivos setores de inovação, evidenciando a diversidade de atores envolvidos nos processos de I&D. Em termos metodológicos, explorou-se os projetos de I&D+i financiados pelo último quadro comunitário com amarração nas duas macrorregiões, com recursos à metodologia de análise de redes sociais.The functional regions of Lisbon and Porto concentrate a large volume of employment (76% of the working population in mainland Portugal), of the productive capacity (81% of GDP) and Portuguese exports (90%). They also attract the countrys largest proportion of social, organisational and knowledge capital. They are the anchor regions of the processes of globalisation and the base of innovation of the Portuguese economy. The current European Unions innovation policy is rooted in the theoretical framework of intelligent specialisation, which drives economic strategies towards the promotion of the countries productive capacities, fostering regional comparative advantages. It is thus necessary to ascertain what each region is doing and if there are differentiated innovation systems. This study intends to identify the fields of specialisation and corresponding innovation sectors in the two functional macro-regions, highlighting the diversity of agents involved in the R&D processes. In methodological terms, we have explored the R&D+I projects that have been funded under the last Community support framework linked to the two macro-regions, based on the methodology of social network analysis