New generation sequencing and effectiveness of the influenza vaccine: a study on influenza A (H3) virus in patients with influenza, 2016/2017 and 2017/2018

Abstract

A tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) permite uma análise genética do vírus da gripe muito mais profunda, quando comparada com a sequenciação pelo método de Sanger, pois permite a análise do genoma viral completo (e não apenas do gene da hemaglutinina). O presente estudo teve como objectivo realizar a análise filogenética e mutacional do vírus da gripe A(H3) de forma a pesquisar possíveis marcadores genéticos e padrões de recombinação que estejam relacionados com a efectividade vacinal. Foram obtidas sequências do genoma completo para 179 vírus A(H3), detectados em casos de síndroma gripal no âmbito do projecto EuroEVA/IMOVE+ durante duas épocas de gripe: 2016/2017 e 2017/2018. Dos vírus sequenciados, 28 pertenciam a vírus de casos vacinados (15,6%). Destes, apenas 16 apresentaram mutações não encontradas em casos não vacinados, no entanto, todas elas emergiram de forma esporádica. Foi revelada a existência de recombinação genómica intrasubtípica, e identificados 4 perfis distintos de recombinação. O grupo em que todos os segmentos genómicos são semelhantes a A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 foi o que registou uma maior percentagem de falhas da vacina (20,3%).Nex t-generation sequencing technology allow a much deeper genetic analysis of influenza virus comparing to Sanger sequencing, since allows a whole genome analysis instead of a HA-based one. The present study aimed to per form phylogenetic and mutational analysis of influenza A(H3) viruses in order to search for putative genetic markers, as well as reassor tment patterns related with vaccine ef fectiveness. Were obtained whole genome sequences for 179 influenza A(H3) viruses, detected in ILI cases in the scope of EuroEVA/I-MOVE+ project during 2 winter seasons: 2016/2017 and 2017/2018. From sequenced viruses, 28 were from vaccinated cases (15.6%). From these, 16 presented mutations, not found in viruses from non-vaccinated cases, however, these mutations have emerged sporadically. Were identified four dif ferent patterns of intrasubtype reassor tment. The group with an A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016-like profile included a higher percentage of vaccine failures (20.3%).Este trabalho foi realizado no âmbito I-MOVE/I-MOVE+ financiado pelo programa Horizonte 2020 e pelo European Centre for Disease Prevention and Control.info:eu-repo/semantics/publishedVersio