research

New era on the surveillance of multidrug resistant tuberculosis in Portugal: whole genome sequencing

Abstract

A tuberculose multirresistente continua a ser um dos principais desafios no controlo da Tuberculose em Portugal. Os métodos de diagnóstico e vigilância clássicos são trabalhosos, muito demorados e nem sempre fáceis de interpretar. A introdução de metodologias moleculares permitiu ultrapassar alguns destes obstáculos, mas, sendo limitada no número de alvos genéticos que analisa, não permite uma análise completa das características das estirpes de M. tuberculosis isoladas. Para ultrapassar esta questão, tivemos como objectivo a implementação de uma metodologia baseada na sequenciação total do genoma que, para além de permitir um screening de todas as mutações conhecidas associadas a resistência, permite fazer uma vigilância molecular das estirpes com uma sensibilidade muito elevada, possibilitando a inter venção das Autoridades de Saúde de forma atempada e otimizada. O Laboratório Nacional de Referência de Micobactérias/Tuberculose do Instituto Nacional de Doutor Ricardo Jorge está, neste momento, capacitado para responder eficazmente a estas necessidades garantindo um dignóstico e vigilância em “tempo real” de todas as estirpes de M. tuberculosis multirresistentes.Multidrug-resistant tuberculosis continues to be one of the main challenges for Tuberculosis´ control in Por tugal. Classical diagnostic and sur veillance methods are laborious, time-consuming and not always easy to interpret and per form. The introduction of molecular methodologies overcame some of these obstacles, but, as they are limited in the number of genetic targets analy zed, they do not allow a complete analysis of the characteristics of the isolated M. tuberculosis strains. As such, we aimed to implement a methodology based on whole genome sequencing that, in addition to enable the screening of all known mutations associated with resistance, it makes it possible to carr y out molecular sur veillance of the strains with a ver y high sensitivity, allowing a timely and optimized intervention of the Health Authorities. The National Reference Laborator y of Mycobacteria / Tuberculosis is now capable of responding ef fectively to these needs, ensuring a "real time" diagnosis and sur veillance of all multidrug resistant M. tuberculosis strains.Este trabalho foi financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) no âmbito do projeto Centro de Toxicogenómica e Saúde Humana (UID/BIM/0009/2016) e desenvolvido no âmbito do projeto GenomaPT (POCI-01-0145-FEDER-022184), cofinanciado pelo Programa Operacional Competitividade e Internacionalização (Compete2020), Programa Operacional Regional de Lisboa (Lisboa 2020) e Programa Operacional Regional do Algarve (CRESC Algarve2020), através do Portugal 2020 e do Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER), e pela FCT.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

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